幼年肠道菌群出问题，为啥会增加过敏疾病风险？| 热心肠日报
今天是第1110期日报。
Science子刊：扰乱早期肠道菌群为何增加过敏风险
Science advances[IF:11.511]
① 在无菌（GF）和抗生素处理的小鼠中，自发性IgE升高是由对食物抗原的异常免疫应答所引起；② 该现象依赖于食物抗原驱动生成的、能产生IL-4的滤泡辅助性T细胞（Tfh），主要存在于肠道相关淋巴组织中，其分化受树突细胞和B细胞调控；③ 这些Tfh主要产生于断奶期，成年GF小鼠若吃无抗原食物，可使Tfh减少，但由于存在生成IgE的长寿浆细胞，IgE仍长期维持在较高水平；④ 定植共生菌群可限制食物抗原驱动的Tfh细胞生成，从而抑制IgE升高。
Food antigens drive spontaneous IgE elevation in the absence of commensal microbiota
05-22, doi: 10.1126/sciadv.aaw1507
【主编评语】免疫球蛋白E（IgE）是过敏性疾病中的关键介导因子，在无菌和抗生素处理的小鼠中会自发性升高，但机制不明。《Science Advances》发表的一项最新研究表明，缺乏肠道菌群可导致小鼠在断奶期产生食物抗原诱导的滤泡辅助性T细胞，从而导致IgE升高。这些发现有助于解释为什么在生命早期扰动肠道菌群可能增加过敏性疾病风险，也提示幼儿接受口服抗生素治疗后或许需注意特定食物的引入时间。（@李丹宜）
肠道菌群与食物过敏（综述）
Annual Review of Immunology[IF:22.714]
① 健康菌群可预防食物过敏；② 菌群可通过调节肠道免疫细胞抗原摄取和呈递等方式，诱导食物抗原特异性Treg，还可调节嗜碱性粒细胞等过敏效应细胞，而且菌群诱导的肠道屏障保护应答可减少进入循环系统的食物抗原，从而减少致敏；③ 双重抗原暴露假说认为，口服暴露可促进对食物抗原的耐受，而屏障功能受损的皮肤暴露于食物抗原可促进致敏，正常的皮肤菌群对维持皮肤耐受环境很重要；④ 对这些机制的认知有助于开发菌群干预等防治食物过敏的新疗法。
The Microbiome and Food Allergy
04-26, doi: 10.1146/annurev-immunol-042718-041621
【主编评语】越来越多的证据显示，食物过敏与肠道菌群存在千丝万缕的关系。《Annual Review of Immunology》近期发表长篇综述，对食物过敏相关假说以及菌群在其中的作用，进行了详细探讨，值得专业人士关注。（@李丹宜）
Nature Reviews：短链脂肪酸在菌群-肠-脑轴中的作用（综述）
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:16.99]
① 短链脂肪酸（SCFA）被认为在菌群-肠-脑（MGB）互作中起介导作用；② SCFA可与G蛋白偶联受体或组蛋白去乙酰酶互作从而影响心理功能，并经体液、激素、免疫和神经途径，直接或间接的作用于大脑；③ 膳食干预研究间接表明SCFA在认知和情绪中有介导作用，动物研究为SCFA在神经精神疾病和心理功能中的作用提供了直接证据，而相关人体研究则较少；④ 相关膳食干预研究，应对SCFA的系统循环水平进行量化；⑤ SCFA或可成为靶向MGB互作的干预性物质。
The role of short-chain fatty acids in microbiota–gut–brain communication
05-23, doi: 10.1038/s41575-019-0157-3
【主编评语】短链脂肪酸（SCFA）是一类被广泛研究的菌群代谢产物，参与多种宿主生理过程。《Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology》发表的一篇最新综述，详细探讨了SCFA在菌群-肠-脑轴中的作用及其机制的研究进展，值得专业人士参考。（@李丹宜）
JAMA子刊：喝含糖饮料与早死风险上升相关
JAMA Network Open[IF:N/A]
① 对REGARDS队列研究中的13440中老年人、平均随访6年的数据进行二次分析，分析摄入含糖饮料（SSB）和100%果汁对死亡风险的影响；② 调整多风险因素后，含糖饮料摄入较多（占总热量的≥10%）与摄入较少（占总热量的<5%）的人相比，其冠心病死亡率HR为1.44、全因死亡率HR为1.14，但相关性不显著；③ 每天多摄入12盎司（约1听）的含糖饮料和果汁，分别与全因死亡风险增加11%和24%显著相关；④ 摄入含糖饮料与冠心病死亡率无显著关联。
Association of Sugary Beverage Consumption With Mortality Risk in US Adults A Secondary Analysis of Data From the REGARDS Study
05-17, doi: 10.1001/jamanetworkopen.2019.3121
【主编评语】《JAMA Network Open》近期发表的一项队列研究显示，喝含纯果汁在内的含糖饮料与全因死亡（而非冠心病死亡）风险上升显著相关。（@李丹宜）
Nature Reviews：细菌耐药性的研究方法（综述）
Nature Reviews Genetics[IF:41.465]
① 细菌耐药性（AMR）导致高发病率、高死亡率和高经济成本，下一代测序技术和计算方法的改进促进了AMR基因的快速识别和表征；② 基于测序的方法可从（宏）基因组中鉴定AMR，包括SPAdes等先组装后分析流程和SRST2等基于短读长的方法；③ 抗性基因数据库包括ARDB、ARG-ANNOT和CARD等专业数据库和Resfams、ResfinderFG等HMM数据库；④ 功能宏基因组学使得发现新的AMR机制和基因成为可能；⑤ 机器学习方法在抗性基因的鉴定和预测上具有重要应用价值。
Sequencing-based methods and resources to study antimicrobial resistance
03-18, doi: 10.1038/s41576-019-0108-4
【主编评语】作者系统阐述了基于测序的抗性基因发现、抗性基因数据库的建设、功能宏基因组学在抗性基因研究中的应用和通过机器学习预测抗性基因的方法，非常值得相关研究人员关注。（@高春辉）
纳米颗粒降低菌群中抗性基因的多样性和丰度
Environment International[IF:7.297]
① 分析了Cu、Zn、CuO、ZnO等⾦属和⾦属氧化物纳⽶颗粒对渗滤液可培养菌群中抗性基因(ARGs)造成的影响；② 纳⽶颗粒处理导致ARGs的多样性和丰度显著下降，其中丰度下降了1-3个数量级，作用效果因纳米颗粒种类不同存在差异；③ ⾦属氧化物纳⽶颗粒⽐⾦属纳⽶颗粒对ARGs的影响更⼤；④ 其机理在于纳⽶颗粒抑制了细菌的⽣⻓，纳⽶颗粒中溶解的⾦属离⼦降低了ARGs的传递频率，以及过量ROS⽣成和膜通透性增加促进部分ARGs的⽔平转移。
Metallic nanoparticles induced antibiotic resistance genes attenuation of leachate culturable microbiota: The combined roles of growth inhibition, ion dissolution and oxidative stress
05-09, doi: 10.1016/j.envint.2019.05.007
【主编评语】纳米科技真神奇！华东师范大学Xie Bing发现，纳米颗粒不仅可以杀菌，还能特异性的降低菌群中抗性基因的多样性和丰度。（@高春辉）
噬菌体在结直肠癌中的新角色
mBio[IF:6.689]
① 肠道菌群结构的转变通常先于宿主细胞学的改变，微生物组学印记检测通过粪便可以无创检测这些转变，有望补充结肠镜检查；② Hannigan等通过分析肠道中噬菌体结构和相应的菌群变化，发现核粒梭菌与肿瘤形成高度相关，梭菌属等细菌是主导CRC的关键驱动子，CRC相关病毒印记多样性更大；③ 提出噬菌体捕食细菌-细菌死亡形成生物膜框架-条件致病菌栖息-宿主生理改变的模型，可推广至多种疾病；④ 研究提示了病毒组在结直肠癌中的重要作用。
Going Viral: a Novel Role for Bacteriophage in Colorectal Cancer
01-22, doi: 10.1128/mBio.02626-18
【主编评语】本文是对粪便病毒组或可诊断结肠癌（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1038562104）的评论，指出了噬菌体在结直肠癌发病中的关键作用，提示了病毒组检测在疾病早期筛查中的潜在价值。（@高春辉）
从进化的视角看营养过剩与炎症性疾病（观点）
mBio[IF:6.689]
① 肠道内有两个生态位：黏液层及定殖其中的粘膜菌群，食物及参与其消化的腔内菌群，后者菌群的丰度远高于前者；② 人类进化适应食物短缺，禁食和腹泻等自然清除机制可限制肠道菌群的失控生长，促进适应黏液层和宿主分泌物的粘膜菌群存留，重置“人特异性的基线菌群”；③ 现代发达国家中，营养过剩和过度清洁等现象令这些清除机制消失，导致肠道菌群生长失控、粘膜菌群改变，伴随菌群产物增加，刺激免疫系统，最终引发炎症反应。
Exposure of the Host-Associated Microbiome to Nutrient-Rich Conditions May Lead to Dysbiosis and Disease Development—an Evolutionary Perspective
05-14, doi: 10.1128/mBio.00355-19
【主编评语】炎症性疾病在现代化社会中的发病快速增加，《mBio》近期发表的观点性文章，从进化的角度提出假说，特别强调了肠粘膜菌群的作用，以及禁食等对菌群的“重置”作用在健康中的潜在意义，对于理解现代化、菌群失调与炎症性疾病的关联，有一定参考价值。（@李丹宜）
感谢本期日报的创作者：李丹宜，波。。，徐笑，吴芹，赵文芝
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