过敏反应一线牵，皮肤损伤与食物过敏间不可不说的事！
今天是第1084期日报。
Immunity：皮肤损伤可能引发食物过敏
Immunity[IF:19.734]
① 用胶带粘连剥离小鼠皮肤可代替抓挠，处理后小鼠小肠中肥大细胞（MC）扩增并活化，肠道通透性增加，会促进敏感型个体发生食物过敏；② 胶带剥离处理会导致全身角质细胞释放IL-33，IL-33与肠道簇细胞分泌的IL-25协同作用，共同促进肠道2型先天淋巴细胞（ILC2）扩增和活化；③ ILC2产生的IL-4直接引发MC在肠道中扩增；④ ILC2产生的IL-13促进肠道簇细胞扩增和IL-25的表达，进一步推动ILC2扩增；⑤ 特应性皮炎患者十二指肠中MC确实存在扩增现象；
Mechanical Skin Injury Promotes Food Anaphylaxis by Driving Intestinal Mast Cell Expansion
04-23, doi: 10.1016/j.immuni.2019.03.023
【主编评语】特应性皮炎患者对包括食物或食物相关过敏原敏感。《Immunity》近期发表研究，发现皮肤划伤不仅会促进特应性皮炎患者的皮肤对食物抗原敏感，还通过引发肠道肥大细胞扩增的方式促进食物过敏。该研究有助于阐释特应性皮炎和食物过敏间的联系，促进对肠-皮肤轴的理解。（@小肠君）
Cell子刊：抵御沙门氏菌感染的低丰度共生菌
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 黏蛋白敲除小鼠缺乏正常的肠道粘液层，但肠道细菌Mucispirillum schaedleri帮助宿主抵御鼠伤寒沙门氏菌（S. Tm）引发的肠道炎症；② M. schaedleri够抵御S. Tm引发的结肠炎，但不影响S. Tm的肠道定植；③ M. schaedleri在肠道内与沙门氏菌竞争厌氧呼吸底物，抑制沙门氏菌毒力因子的表达，从而抵御结肠炎；④ M. schaedleri广泛分布于啮齿类动物中，小鼠是否携带该菌会影响S. Tm感染实验结果；⑤ M. schaedleri富集于人体肠黏膜中，粪便中较少。
Mucispirillum schaedleri Antagonizes Salmonella Virulence to Protect Mice against Colitis
04-18, doi: 10.1016/j.chom.2019.03.004
【主编评语】《Cell Host and Microbe》近期发表一项研究，在一次结果异常的沙门氏菌感染实验中，发现小鼠携带的低丰度共生菌Mucispirillum schaedleri可以通过竞争营养物质，帮助宿主抵抗鼠伤寒沙门氏菌感染，从而干扰沙门氏菌感染模型的建立。该研究不仅发现共生菌协助抵御肠道感染的一种机制，还指出了共生菌群差异对动物实验结果的影响，值得参考。（@小肠君）
MGS-Fast：快速注释菌群宏基因组测序数据的方法
GigaScience[IF:7.267]
① 在得到宏基因组测序数据之后，直接使用 Bowtie2 短序列比对工具将 Reads 比对到注释好的综合参考基因数据库中；② 这个参考基因数据库源于人体菌群测序已经取得的成果；③ 由于抛弃了组装等计算耗时的步骤，该方法在时间花费上大大改善，在测试中超过了 Kraken 等工具；④ Bowtie2 比对可以保证序列相似性在 90% 以上，因此注释结果的可靠性也比较高；⑤ 该方法已经被整合进 Galaxy 方法流，可通过 Docker 镜像获取。
MGS-Fast: Metagenomic shotgun data fast annotation using microbial gene catalogs
04-03, doi: 10.1093/gigascience/giz020
【主编评语】华大基因主办的期刊《GigaScience》近期发表文章，使用既有的微生物基因目录注释宏基因组测序数据，大大提高了工作效率。这种操作依赖于可靠的基因目录支持。考虑到包括华大基因在内的多个研究机构都曾致力于构建肠道菌群的基因目录（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1045745408），随着基因目录的不断完善，这种不经过组装直接注释的方案不失为一个好办法。（@高春辉）
Nature Reviews ：宏基因组技术临床运用的前现状与挑战（综述）
Nature Reviews Genetics[IF:41.465]
① 宏基因组高通量测序（mNGS）技术可综合分析临床样本中微生物和宿主的遗传物质，临床运用方向包括病原体检测、微生态分析、转录组分析和肿瘤诊断；② mNGS可同时检测多种病原体和罕见病原体；③ mNGS菌群分析有助于诊断感染和其他多种类型疾病；④ 转录组分析可检测人体在疾病中的反应；⑤ 检测病毒和宿主基因突变有助于癌症预防与治疗；⑥ mNGS临床运用需考虑提高敏感性、流程标准化、建立严格对照、操作简便化、降低成本和取得监管机构认可。
Clinical metagenomics
03-27, doi: 10.1038/s41576-019-0113-7
【主编评语】宏基因组高通量测序（mNGS），正迅速从科研转向临床应用，会逐渐改变疾病诊断和治疗的方式。《Nature Reviews Genetics》近期发表综述，系统性总结了目前mNGS在疾病诊和治疗中可发挥的广泛作用，尤其强调了在病原检测上的巨大作用，并指出了该技术在临床运用上面临的挑战，值得参考。（@小肠君）
肠球菌感染的特点和防治（综述）
Clinical Microbiology Reviews[IF:20.642]
① 肠球菌对环境有极高的耐受性，其中屎肠球菌和粪肠球菌是引起肠球菌感染的最主要菌株；② 肠球菌通过逃避免疫系统、黏附于宿主细胞、形成生物膜等方法引发疾病，毒力因子包括溶细胞素、明胶酶等；③ 肠球菌对头孢菌素等抗菌物质有天然耐受性，并可通过耐药基因获得对其他多种抗生素的耐受性；④ 肠球菌基因组可塑性高，可通过水平基因转移获得新的毒力因子和耐药基因；⑤ 防治肠球菌感染需全面控制其传播、限制其致病性并将其从感染环境中清除。
The enterococcus: a model of adaptability to its environment
01-30, doi: 10.1128/CMR.00058-18
【主编评语】肠球菌是重要的肠道共生菌，但其中的屎肠球菌和粪肠球也是重要的致病菌。《Clinical Microbiology Reviews》发表的综述系统性介绍了肠球菌的环境适应性、致病性、耐药性和基因组变化，对于防控肠球菌感染具有重要价值，值得参考。（@小肠君）
益生菌抑制克罗恩病病原菌生物膜的形成
mBio[IF:6.689]
① 在克罗恩病（CD）患者中，热带念珠菌、大肠杆菌和粘质沙雷氏菌的丰度显著升高；② 对一种新型的益生菌组合（1酵母菌+2乳酸菌+1双歧杆菌）进行评估，其滤液能够预防和治疗这三种菌的多微生物生物膜(PMB)的形成；③ 白色念珠菌在CD患者中升高，而该菌正是形成PMB的主导因素，益生菌滤液则能够抑制白念珠菌芽管的形成，对其有特异性的抑制作用；④ 所设计的益生菌可用于治疗与生物膜相关的胃肠道疾病，如克罗恩病和结肠直肠癌。
Effects of a Novel Probiotic Combination on Pathogenic Bacterial-Fungal Polymicrobial Biofilms
04-02, doi: 10.1128/mBio.00338-19
【主编评语】《mBio》近期发表研究，发现四种益生菌（Saccharomyces boulardii ATCC MYA-796, Lactobacillus acidophilus ATCC 43121, Bifidobacterium breve ATCC 15701, and L. rhamnosus ATCC 39595）的组合可以抑制克罗恩病病原热带念珠菌与另外两种细菌的多物种生物膜，或在克罗恩病的治疗上有应用前景。（@高春辉）
通过输尿管支架表面结垢研究尿道菌群
Microbiome[IF:9.133]
① 纳入89例植入输尿管支架的无尿路感染（UTI）患者，分析支架表面结垢和生物膜的菌群状况；② 短期（3-6周）输尿管支架术后支架结垢中细菌载量低，主要由尿液有机沉积物及晶体构成；③ 生物膜中的主要细菌形态更类似于革兰氏阳性菌，如乳酸菌和棒状杆菌；④ 部分结垢菌群以潜在致病菌为主，无症状的UTI患者菌群中普遍存在兼性致病菌，乳酸杆菌占优势的菌群中多样性显著下降；⑤ 肠杆菌属与棒状杆菌属占优势的生物膜中，不存在草酸钙结晶。
Encrustations on ureteral stents from patients without urinary tract infection reveal distinct urotypes and a low bacterial load
04-13, doi: 10.1186/s40168-019-0674-x
【主编评语】《Microbiome》近期发表研究，采用测序、qPCR、培养及显微镜多种方法，发现研究输尿管支架菌群特征，可以通过该菌群特征为患者分型，有助于确定有益菌群、探索泌尿系感染防治新方法。（@小肠君）
肠道失调和炎症诱导脂肪积累
FASEB Journal[IF:5.595]
① 在菌群基因丰度较低的病人体内，其血清磷脂酰甘油（PG）更高，血清PG与细菌脂多糖（LPS）合成能力以及宿主轻度炎症呈正相关；② 小鼠模型以及人体巨噬细胞试验发现LPS可以诱导PG释放；③ 小鼠急性摄入PG，会重塑脂肪组织的基因表达，抑制体外脂肪分解，促进脂肪积累；④ 一些PG类型与小鼠及人体的肥胖程度有相关性；⑤ 尽管菌体细胞膜上有很多PG，移植PG过表达的重组乳酸乳球菌后，细菌PG对无菌小鼠无显著影响。
Phosphatidylglycerols are induced by gut dysbiosis and inflammation, and favorably modulate adipose tissue remodeling in obesity
01-04, doi: 10.1096/fj.201801897R
【主编评语】《FASEB Journal》近期发表研究，发现肠道菌群通过内毒素间接调节血清中的磷脂酰甘油，该炎症反应性脂类具有调节脂肪组织内稳态的作用。该研究对阐释肠道菌群与宿主肥胖间的关系具有参考价值。（@小肠君）
感谢本期日报的创作者：小肠君，张贺，高春辉，张裕铃，杜海洋，方芳，郭兵兵
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