2月，最值得看的30篇肠道健康文献！
今天是第1028期日报。
Science：肠道菌群对药物代谢的贡献有多大？
Science[IF:41.058]
① 宿主和肠道细菌共同参与药物代谢，药物反应的个体差异性与肠道菌群的基因差异有关；② 利用无菌小鼠、药物代谢酶缺失细菌构建限菌小鼠模型，发现核苷类抗病毒药物溴夫定转化为肝毒性代谢物的过程，71%由肠道菌群完成；③ 该模型可用于定量测定宿主和肠道菌群对药物代谢的贡献，并成功检测了抗病毒药索利夫定的代谢情况；④ 利用无菌小鼠构建类似模型，证明肠道细菌参与了氯硝安定及相关药物的还原过程，该代谢过程也与药物毒性相关。
Separating host and microbiome contributions to drug pharmacokinetics and toxicity
02-08, doi: 10.1126/science.aat9931
【主编评语】肠道菌群参与药物代谢过程。Science近期发表了一篇方法学研究，阐述了一种可定量测定肠道菌群对药物代谢贡献的方法，测定了肠道细菌对若干核苷类抗病毒药物、抗焦虑药物的代谢影响。该模型对评估肠道菌群在药物、营养成分等物质代谢过程中的作用具有重要参考价值。（@小肠君）
Nature：发掘未知的肠道细菌
Nature[IF:41.577]
① 从11850个人类肠道菌群基因组中，鉴别出1952种潜在的、未被培养的肠道细菌；② 这些潜在细菌，将已知肠道细菌的总种类数量增加了281% ；③ 新发现的细菌在欧美人群中并不普遍，但却极大地丰富了对非洲、南美人群肠道细菌种类的了解，对已知细菌种类的增幅超过200%；④ 潜在细菌的基因组上存在上百种新的生物合成基因簇，可能在宿主中发挥特殊作用；⑤ 潜在细菌的基因组的发现，显著增加了对肠道菌群种类和功能的了解。
A new genomic blueprint of the human gut microbiota
02-11, doi: 10.1038/s41586-019-0965-1
【主编评语】解读肠道菌群结构存在的宿主差异有助于阐释菌群对宿主健康的具体影响。Nature近期发表研究，鉴别出了1925种潜在肠道细菌，极大地丰富了已知肠道菌群种类和功能，尤其丰富了非洲和拉美地区人群的肠道菌群信息。该研究对详细阐释肠道菌群种类和功能具有参考价值。（@小肠君）
华大基因团队：1520个人肠道单细菌参考基因组，助力菌群研究
Nature Biotechnology[IF:35.724]
① 用培养组学分离>6000个人粪便菌株，得到1520个高质量单菌基因组草图（338个种），构成可培养基因组参考（CGR）数据集；② 包括人肠道的主要细菌门和属，含至少264个新参考基因组，有不少低丰度菌，丰富了现有参考基因组，提高了宏基因组学分析的分辨率（读段比对率和SNP分析等）；③ 对CGR的功能注释加深了对肠道菌功能的认知；④ 对38种重要菌的泛基因组分析，揭示不同菌门的泛基因组开合趋势和在各自核心和非核心基因组上功能富集的差异。
1,520 reference genomes from cultivated human gut bacteria enable functional microbiome analyses
02-04, doi: 10.1038/s41587-018-0008-8
【主编评语】华大基因的肖亮、贾慧珏和李俊桦与团队的重要研究，近期在Nature Biotechnology发表。该研究通过培养组学方法，从健康人粪便样本中获得1520个单菌基因组草图，对现有的人肠道细菌参考基因组有很大补充；并通过功能注释和泛基因组分析，加深了对肠道细菌功能和特点的了解。这些成果将助力人肠道宏基因组学分析和相关应用转化研究，值得专业人士仔细阅读。（@李丹宜）
Nature子刊：包含近800个肠道菌株全基因组数据的新数据集
Nature Biotechnology[IF:35.724]
① 发布人体胃肠道细菌培养集（HBC）数据，HBC包含了来自4个门、31个科、273个种的737个菌株的全基因组数据；② HBC使已有的人体胃肠道细菌基因组数量增加了37%；③ 相比于人类微生物组（HMP）计划，包含HBC在内共计1354个基因组的人体胃肠道细菌基因集（HGG）将系统分类效率提高了61%，近50%的序列可被分类到亚种级；④ 新的HGG提高了对宏基因组样本分类的分辨率，并能鉴定出人肠道菌群中的新菌种，同时增加了41个新描述的功能。
A human gut bacterial genome and culture collection for improved metagenomic analyses
02-04, doi: 10.1038/s41587-018-0009-7
【主编评语】Nature Biotechnology上发表的一项最新研究，发布了一个新的人体肠道细菌基因组数据集，包含了来自4个门、31个科、273个种的737个菌株的全基因组数据，这些菌株是从20个成年人的粪便样本中培养并分离的。该数据集使人体胃肠道细菌基因组的数量增加了37%。（@沈志勋）
Lancet：从更高层面认识和解决全球肥胖问题
Lancet[IF:53.254]
① 肥胖、营养不良和气候变化在全球范围内相互作用，形成“全球共疫”，威胁人类健康和环境发展；② 食品与农业、运输、城市设计和土地使用是驱动全球共疫的主要系统因素，应针对性地制定一石二鸟/三鸟的干预策略；③ 通过国际和国家治理、民间参与等多层面的措施，如将健康权纳入人权法、签署食品系统公约等，促进政策转变，并加强问责；④ 必须减少商业利益对政策制定的影响，并改变商业模式，从只注重短期利润向可持续发展和促进健康转化。
The Global Syndemic of Obesity, Undernutrition, and Climate Change: The Lancet Commission report
01-27, doi: 10.1016/S0140-6736(18)32822-8
【主编评语】全球肥胖问题日益严重，尽管已有一些措施出台，但整体收效甚微。《柳叶刀》全球共疫委员会（Lancet Global Syndemic Commission）近期发表长篇报告，将肥胖、营养不良和气候变化视为“全球共疫”（具有内在关联的协同流行性疾病），分析了三者背后的共通驱动因素，从商业模式、食物系统、民间参与、国际和国家治理等角度提出了不少措施方法，以期从“全球共疫”的层面解决肥胖问题。（@李丹宜）
青岛大学李铎团队：高脂饮食伤菌促炎，可能影响长期健康
Gut[IF:17.016]
① 纳入217名18-35岁非肥胖参与者，在6个月中分别食用等热量但脂含量不同的饮食（脂肪供能比分别为20%、30%和40%）；② 低脂饮食与菌群α多样性、Blautia和粪便杆菌属增加相关，高脂饮食与Alistipes属和拟杆菌属增加、粪便杆菌属减少相关；③ 高脂饮食组粪便中的短链脂肪酸显著低于其他组；④ 低脂饮食组中，与代谢疾病有关的共代谢产物对甲酚和吲哚含量降低；⑤ 高脂饮食与粪便中花生四烯酸和脂多糖合成增加、血浆中促炎因子增加相关。
Effects of dietary fat on gut microbiota and faecal metabolites, and their relationship with cardiometabolic risk factors: a 6-month randomised controlled-feeding trial
02-19, doi: 10.1136/gutjnl-2018-317609
【主编评语】高脂饮食会对肠道菌群造成影响。青岛大学李铎教授团队近期在《Gut》杂志发表一项RCT研究，发现非肥胖年轻人食用高脂饮食会改变肠道菌群及其代谢产物，可能会带来长期健康隐患。该结果对研究食物-菌群-宿主健康的相互关联具有参考价值。（@小肠君）
Cell：高脂饮食+基因突变，驱动结直肠癌生长
Cell[IF:31.398]
① 具有异常WNT信号通路的APC突变小鼠，喂食高脂饮食后肠道中牛脂-β-鼠花酸（T-βMCA）和脱氧胆酸（DCA）这两种胆汁酸增加；② T-βMCA和DCA抑制肠道法尼醇X受体（FXR），导致Lgr5+肠道干细胞发生细胞增生和DNA损伤；③ 选择性活化肠道FXR可以抑制Lgr5+肠道干细胞的异常生长，阻止结直肠癌恶化；④ FXR对肠道组织更新的调控作用受胆汁酸含量影响，可作为治疗结直肠癌的潜在靶标。
FXR Regulates Intestinal Cancer Stem Cell Proliferation
02-21, doi: 10.1016/j.cell.2019.01.036
【主编评语】肠道中胆汁酸的增加是诱发结直肠癌的风险因素之一。《Cell》近期发表研究，指出饮食因素和WNT信号通路异常会改变肠道中胆汁酸含量，导致Lgr5 +肠道干细胞异常增生诱发结直肠癌。本文的结果指示FXR可能是潜在的癌症治疗靶点，而改变饮食、降低肠道胆汁酸可能有抑癌效应，值得参考。（@小肠君）
Nature子刊：肠道菌群、短链脂肪酸和代谢疾病有因果关联
Nature Genetics[IF:27.125]
① 纳入952名血糖量正常志愿者，整合其全基因组基因分型、肠道宏基因组和粪便短链脂肪酸（SCFA）含量数据，研究17种代谢产物与人体特征的关联性；② 采用双向孟德尔随机化法（MR）进行因果分析发现，由宿主基因诱导的肠道丁酸盐增加能改善胰岛素反应；③ 宿主基因诱导的丙酸盐生成和吸收异常会增加其含量，进而提高二型糖尿病风险；④ 肠道菌群和宿主的代谢状况具有因果联系，MR分析法可用于研究菌群相关的因果联系。
Causal relationships among the gut microbiome, short-chain fatty acids and metabolic diseases
02-18, doi: 10.1038/s41588-019-0350-x
【主编评语】肠道菌群与2型糖尿病、肥胖等代谢异常具有相关性。Nature Genetics近期发表的一份通信研究，通过结合全基因组基因分型、肠道宏基因组和代谢产物数据，利用双向孟德尔随机化法分析，发现肠道菌群和特定代谢产物与人体代谢具有因果关系。该方法和结果对菌群-疾病相关研究具有重要参考价值。（@小肠君）
Cell子刊：具体哪株菌，饮食来决定
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 不同的饮食和生活习惯会筛选出不同的Prevotella copri菌株；② 食用高纤维饮食的人群，肠道中的P. copri具有更强的碳水化合物分解能力；③ 在食用杂食性饮食的人群中，含有支链氨基酸合成相关leuB基因的P. copri菌株更为普遍，支链氨基酸合成与葡萄糖耐受和二型糖尿病风险有关；④ P. copri菌株的药物代谢、碳水化合物分解能力分别与西式饮食、非西式饮食相关；⑤ 研究宿主-菌群互作时，需要考虑该菌株受饮食影响的特性。
Distinct Genetic and Functional Traits of Human Intestinal Prevotella copri Strains Are Associated with Different Habitual Diets
02-21, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.004
【主编评语】肠道普雷沃菌对人类健康的影响具有争议。本研究纳入多个意大利人粪便菌群研究数据，发现Prevotella copri菌株类型和功能的人群间个体差异受饮食结构的影响显著，可能因此对宿主健康带来不同的影响。本文的结果对研究饮食-微生物-宿主互作具有重要参考价值。（@小肠君）
上海交大医学院：警惕传统中草药、膳食补充剂和抗结核药物的肝脏毒性
Gastroenterology[IF:20.773]
① 25,927例药物性肝损伤（DILI）住院病例的统计分析，估计一般人群年发病率为23.80/10,0000人，高于西方国家；② 传统中草药、膳食补充剂以及抗结核药物是导致DILI的主要物质；③ 超过半数的DILI病例出现了肝细胞损伤，其次是混合性损伤和胆汁淤积性损伤；④ 少数病例发展到危及生命甚至死亡， 208例肝功能衰竭，2例接受肝移植，102例患者死亡；⑤ 死亡病例中，72例被认为主要由DILI引起，21例中DILI起辅助作用。
Incidence and Etiology of Drug-Induced Liver Injury in Mainland China
02-08, doi: 10.1053/j.gastro.2019.02.002
【主编评语】中国大陆的药物性肝损伤发病率高于西方国家。本回顾性人群研究发现，传统中草药、膳食补充剂以及抗结核药物是导致DILI的主要物质。本结果对研究我国药物性肝损伤的流行状况和发病原因具有重要参考价值。（@小肠君）
谢鹏+魏泓等：精神分裂症的潜在菌群-肠-脑轴机制
Science advances[IF:11.511]
① 与健康对照（HC）相比，精神分裂症（SCZ）患者肠道菌群的α-多样性降低，且菌群组成改变：韦荣球菌科等的23个OTU增多，毛螺菌科等的54个OTU减少；② 鉴定出与SCZ严重程度相关的7个OTU，用气球菌科、双歧杆菌科、布鲁氏菌科、巴斯德氏菌科和理研菌科作为标志物，可较准确的区分SCZ与HC（AUC=0.769）；③ 与HC相比，移植SCZ菌群的小鼠表现出SCZ相关行为，海马区中谷氨酸水平较低、谷氨酰胺和GABA水平较高，肠脑轴氨基酸和脂代谢通路改变。
The gut microbiome from patients with schizophrenia modulates the glutamate-glutamine-GABA cycle and schizophrenia-relevant behaviors in mice
02-06, doi: 10.1126/sciadv.aau8317
【主编评语】精神分裂症（SCZ）是一类病因未明的精神疾病，与遗传和环境因素有关。Science Advances发表来自谢鹏团队和魏泓团队等合作的最新研究，鉴定出与SCZ相关的肠道菌群特征，或能用于疾病诊断；并用粪菌移植和代谢组学等方法在小鼠中表明，SCZ菌群可能通过菌群-肠-脑轴机制影响神经化学和神经功能，参与SCZ发病。这些发现提示，靶向肠道菌群的疗法或能用于改善SCZ。（@李丹宜）
Nature子刊：肠道菌群如何影响心理健康？
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 纳入1054名参与者，分析肠道菌群与抑郁以及生活质量的关系，得到的结果在另外1070名参与者中进行验证，证明肠道菌群与心理健康具有重要联系；② 产丁酸的粪杆菌属和粪球菌属，始终与较高的生活质量相关；③ 在排除抗抑郁药物的影响后，小杆菌属和粪球菌属在抑郁人群中呈现减少的趋势；④ 肠道细菌合成多巴胺代谢物——3,4-二羟苯酰乙酸的能力，与良好的心理健康状态呈正相关；⑤ 肠道细菌产生的γ-氨基丁酸，可能与抑郁状态有关。
The neuroactive potential of the human gut microbiota in quality of life and depression
02-04, doi: 10.1038/s41564-018-0337-x
【主编评语】肠道菌群在肠脑轴中具有重要作用。近期发表在Nature Microbiology的一项人群队列研究显示，粪杆菌属、粪球菌属和小杆菌属等肠道细菌以及肠道菌群的丁酸代谢、多巴胺代谢等过程可能与心理健康相关，从人群层面一定程度上揭示了肠道菌群与心理健康的关联性，值得参考。（@小肠君）
Cell：菌群影响宿主发育和生理的一种新机制
Cell[IF:31.398]
① 一氧化氮（NO）介导的半胱氨酸残基S-亚硝基化（SNO），可调控蛋白质功能；② 通过喂食不能生成NO的共生菌，在线虫蛋白质组中鉴定出约1000种蛋白，其SNO受共生菌调节，其中包括线虫的Argonaute蛋白ALG-1；③ 人和线虫Argonaute蛋白中存在保守的SNO位点，该位点发生SNO时可抑制Argonaute与GW182互作，从而抑制miRNA介导的基因沉默作用；④ 共生菌参与的线虫ALG-1的SNO修饰，通过miRNA机制改变宿主基因表达，可影响线虫发育和表型。
Regulation of MicroRNA Machinery and Development by Interspecies S-Nitrosylation
02-21, doi: 10.1016/j.cell.2019.01.037
【主编评语】Cell本周发表的一项最新研究，以线虫为模型，揭示了共生菌影响宿主生理功能的一种新的分子机制。该研究发现，菌群衍生的一氧化氮（NO）可在线虫宿主蛋白质组中引起广泛的S-亚硝基化（SNO）转录后修饰，这种作用可通过miRNA介导的基因表达调控（以及其它潜在机制），来影响宿主发育和生理。（@李丹宜）
Science：大肠癌相关细菌毒素怎样损伤DNA？
Science[IF:41.058]
① 含有生物合成基因岛pks的大肠杆菌可产生细菌毒素colibactin，可能促进大肠癌发生；② 用非靶向DNA加合物组学，在与pks+大肠杆菌共培养的上皮细胞系中，鉴定出2种特异性富集的DNA腺嘌呤烷基化加合物，推测是不稳定的colibactin-DNA交联结构的分解衍生物；③ 给无菌小鼠定植pks+大肠杆菌，在结肠上皮细胞中也检测出上述DNA加合物；④ 通过化学合成等方法解析了DNA加合物的化学结构，colibactin的环丙烷环在其与DNA的烷基化反应中有关键作用。
The human gut bacterial genotoxin colibactin alkylates DNA
02-15, doi: 10.1126/science.aar7785
【主编评语】特定肠道菌可促进结直肠癌（CRC）的发生，一年前Science曾发表研究，在家族性息肉病患者中鉴定出两种潜在的促CRC肠道菌，其中就包括能产生基因毒素colibactin的pks+大肠杆菌。然而研究者对colibactin进行纯化分离的尝试均告失败，阻碍了对其损伤DNA的机制的解析。Science今天上线的一项最新研究发现，colibactin的环丙烷环结构能像“弹头”一样“扎入”DNA链，与腺嘌呤发生烷基化反应形成DNA加合物，从而损伤DNA结构，是促进大肠癌的潜在分子机制。这种DNA加合物或许能作为pks+大肠杆菌暴露的生物标志物，用于预测CRC风险，其临床转化价值有待进一步研究。（@李丹宜）
Cell：慢性炎症永久性地改变肠道免疫系统
Cell[IF:31.398]
① 在乳糜泻中，由膳食蛋白抗原引起的慢性炎症状态会永久地改变肠道上皮中先天样TCRγδ+上皮内淋巴细胞（IEL）群的组成；② 先天样γδ1+ IEL对嗜乳脂蛋白样分子BTNL3/BTNL8具有特异性反馈，乳糜泻时该IEL被表达干扰素γ的γδ1+ IEL代替；③ 乳糜泻时，γδ1+ IEL的T细胞受体（TCR）库发生了永久性变化，无法识别BTNL3/BTNL8；④ 缺少BTNL8，会导致先天样γδ1+ IEL在乳糜泻时永久消失，减少膳食蛋白恢复BTNL8表达无法恢复先天样γδ1+ IEL。
Chronic Inflammation Permanently Reshapes Tissue-Resident Immunity in Celiac Disease
02-05, doi: 10.1016/j.cell.2018.12.039
【主编评语】肠道组织驻留型淋巴细胞在免疫监视过程中具有重要作用。Cell近期发表研究，阐释了在乳糜泻病变中，由食物蛋白抗原引的慢性炎症永久性地改变了上皮内淋巴细胞类型。该研究对研究慢性炎症过程中的肠道免疫系统变化具有参考价值。（@小肠君）
Cell：抗真菌Th17，是敌是友均由白色念珠菌决定？
Cell[IF:31.398]
① 白色念珠菌是诱导人体产生抗真菌辅助T细胞17（Th17 ）的主要致病共生真菌；② 其他种类的真菌引起的Th17免疫反应，依赖于白色念珠菌诱导的交叉反应性Th17；③ 肠道炎症状况会增加白色念珠菌及其诱导产生的Th17；④ 气生真菌烟曲霉引发的呼吸道炎症疾病中（如急性过敏性肺曲霉病），交叉反应性Th17被选择性的活化和扩增，使疾病加剧；⑤ 白色念珠菌驱动的异源免疫，是人体系统性诱导抗真菌Th17应答的核心机制，也是肺部炎症疾病的潜在风险因素。
Human Anti-fungal Th17 Immunity and Pathology Rely on Cross-Reactivity against Candida albicans
02-21, doi: 10.1016/j.cell.2019.01.041
【主编评语】辅助T细胞17（Th17）的功能是双刃剑，一方面起到免疫保护作用，但也可能与免疫相关病理有关。《Cell》近期发表研究，发现白色念珠菌是诱导人体（Th17 ） 的主要致病共生菌，而且Th17 在不同感染状况下确实表现出免疫或促炎两种作用。本文结果对探究Th17的功能、研究人体炎症病因及机理具有参考价值。（@小肠君）
Nature子刊：宿主-共生菌群稳态维持缺不了转录因子c-Maf
Nature Immunology[IF:21.809]
① 肠道调节性T细胞（Treg）限制依赖于菌群的IL-17辅助T细胞（TH17）功能以及IgA反馈，该调节作用需要转录因子c-Maf的调控；② 包括RORγt+ Treg和滤泡Treg在内，若干Treg的最终分化以及功能依赖于c-Maf；③ c-Maf缺陷型Treg的IL-10表达降低，c-Maf通过抑制PI(3)K-Akt-mTORC1和炎性细胞因子表达，调控IL-10表达；④ Treg的c-Maf缺陷会导致严重的肠道菌群紊乱，给c-Maf正常小鼠的移植c-Maf缺陷小鼠的紊乱菌群，足以加剧TH17免疫反应。
c-Maf-dependent Treg cell control of intestinal TH17 cells and IgA establishes host–microbiota homeostasis
02-18, doi: 10.1038/s41590-019-0316-2
【主编评语】调节性T细胞（Treg）在维持免疫稳态中具有重要作用。Nature Immunology,近期发表研究，发现转录因子c-Maf对肠道Treg的分化和功能具有重要作用，在维持宿主-肠道菌群共生稳态，抑制辅助性T细胞功能过激过程中具有核心地位，对研究菌群-免疫-宿主稳态具有参考价值。（@小肠君）
Immunity：树突状细胞感应菌群并促进肠道屏障完整性
Immunity[IF:19.734]
① 共生菌群促进CD4+ T细胞产生IL-17及IL-22，树突状细胞（DC）中的Mincle及Syk信号通路对此至关重要；② Mincle检测共生菌群信号，并触发派尔集合淋巴结（PP）中的IL-6及IL-23p19产生，从而促进肠道Th17细胞和天然淋巴细胞（ILC）产生IL-17及IL-22；③ 缺失Mincle或CD11c+细胞中选择性缺失Syk的小鼠肠道中，RegIIIγ和IgA的产生受损，肠道菌群系统性易位增加；④ Mincle缺乏导致肝脏炎症和脂质代谢失调，Mincle可促进肠道屏障完整性。
Microbiota Sensing by Mincle-Syk Axis in Dendritic Cells Regulates Interleukin-17 and -22 Production and Promotes Intestinal Barrier Integrity
01-31, doi: 10.1016/j.immuni.2018.12.020
【主编评语】Immunity上发表的一项最新研究，发现肠道派尔集合淋巴结中的树突细胞可通过Mincle-Syk轴感知共生菌群，从而促进肠道中Th17细胞及ILC产生IL-17及IL-22，以调节肠道屏障功能。（@沈志勋）
Immunity：促进胎儿肠道发育的T细胞，可介导早产儿的肠道炎症
Immunity[IF:19.734]
① 人类胎儿肠道含有生成TNF-α的CD4+CD69+效应记忆T细胞（TEM），在孕早期末尾即存在；② 单细胞RNA测序表明这种TEM呈现Th1表型，且介导上皮生长和细胞周期的基因表达上调；③ 类器官共培养试验显示，当数量少时这种TEM可促进肠上皮发育，数量多时则阻碍肠道干细胞增殖，该作用依赖于TNF-α；④ 患坏死性小肠结肠炎早产儿的肠道炎症中，这种TEM数量增多，TNF信号增强；⑤ TNF-α+CD4+TEM可促进胎儿肠道粘膜发育，但在早产儿中可介导肠道炎症。
Human Fetal TNF-α-Cytokine-Producing CD4+ Effector Memory T Cells Promote Intestinal Development and Mediate Inflammation Early in Life
02-12, doi: 10.1016/j.immuni.2018.12.010
【主编评语】胎儿的免疫系统通常被认为是具有抗炎的免疫耐受特性，然而早产儿却容易患严重的肠道炎症疾病，比如坏死性小肠结肠炎（NEC）。Immunity近期发表研究，胎儿肠道中存在的一种TNF-α+CD4+T细胞可促进肠上皮发育，而早产可能诱导这种T细胞活化增殖，引起早产儿的肠道炎症，是早产儿易患NEC的潜在机制。（@李丹宜）
Science子刊：饮食调节特定细菌抗原表达以调控肠道免疫
Science Immunology[IF:N/A]
① 构建多形拟杆菌特异性CD4+ T细胞杂交瘤——BθOM；② 将表达BθOM TCR转基因T细胞转移至健康小鼠体内，BθOM T细胞可在小鼠结肠、结肠-引流淋巴结、脾脏中增殖并分化为调节性T细胞（Treg）或效应T细胞（Teff）；③ 去除多形拟杆菌特异性Treg，可引起小鼠结肠炎；④ BθOM T细胞可识别多形拟杆菌表达的一种特定多肽——BT4295；⑤ 该多肽的表达受到营养元素的调节，葡萄糖可抑制其表达，喂食高糖饮食的小鼠的结肠BθOM T细胞活性受到显著抑制。
Diet modulates colonic T cell responses by regulating the expression of a antigen
02-08, doi: 10.1126/sciimmunol.aau9079
【主编评语】Science Immunology上发表的一项最新研究，发现饮食中的特定成分可通过调节特定细菌抗原的表达，以调控细菌特异性T细胞的活性，从而影响肠道免疫稳态。（@沈志勋）
Nature子刊：肠道非经典NF-κB信号调节免疫稳态
Nature Communications[IF:12.353]
① 肠道Microfold细胞（M细胞）可对肠腔中的菌群及饮食中的抗原进行采样，以“教育”肠道淋巴滤泡中的免疫细胞；② 肠道淋巴滤泡中，NF-κB诱导激酶（NIK）介导的上皮非经典NF-κB信号高度活化，这一信号对于维持M细胞是必需的；③ 肠道NIK信号调节M细胞的分化，并引起局部及全身产生IL-17A及IgA；④ 小鼠结肠炎模型及IBD患者均表现出肠道NIK信号的活化；⑤ NIK信号的持续活化通过引起M细胞异位分化及IL-17A的慢性增加，而增加免疫损伤的易感性。
Intestinal non-canonical NFκB signaling shapes the local and systemic immune response
02-08, doi: 10.1038/s41467-019-08581-8
【主编评语】Nature Communications上发表的一项最新研究，发现在肠道中，NF-κB诱导激酶（NIK）非经典NF-κB信号可促进肠道M细胞的分化，该信号的过度活化可能引起肠道炎症。（@沈志勋）
Cell子刊：寄生虫如何调节宿主免疫（综述）
Immunity[IF:19.734]
① 寄生虫可释放各类免疫调节分子；② 包括：细胞因子调节因子、生长因子、先天性防御因子类似物、TLR信号通路调节因子、胞内信号机基因表达调节因子、酶及抑制剂、胞外囊泡、脂质或脂质结合分子；③ 寄生虫可在免疫应答的所有5个阶段起调节作用：起始阶段，抗原识别及处理阶段，适应性免疫应答阶段，效应细胞应答阶段，凝结、愈合及重塑阶段；④ 活体寄生虫感染或寄生虫产生的免疫调节分子未来或可用于免疫相关疾病的临床治疗（例如IBD）。
Modulation of Host Immunity by Helminths: The Expanding Repertoire of Parasite Effector Molecules
2018-11-20, doi: 10.1016/j.immuni.2018.10.016
【主编评语】Immunity上发表的一篇重要综述，详细介绍了寄生虫如何通过释放各类免疫调节分子，在免疫应答的各个阶段起到调节作用，值得一读。（@沈志勋）
Nature：单细胞水平解析结肠上皮细胞多样性和IBD机制
Nature[IF:41.577]
① 用单细胞RNA测序分析健康人结肠上皮细胞多样性，发现肠隐窝内存在吸收细胞和分泌细胞的分化梯度；② 发现隐窝顶部的一种感知pH的新型吸收细胞，表达两种通道蛋白BEST4和OTOP2以及饱腹肽尿鸟苷素，在炎症性肠病（IBD）和结直肠癌中失调；③ 揭示了IBD中不同类型结肠上皮细胞的基因表达异常，鉴定出5种杯状细胞亚型，发现其分泌的抑菌抗蛋白酶分子WFDC2在患者中表达下调；④ 小鼠中，WFDC2维持肠上皮屏障完整性，防止共生菌入侵和粘膜炎症。
Colonic epithelial cell diversity in health and inflammatory bowel disease
02-27, doi: 10.1038/s41586-019-0992-y
【主编评语】在炎症性肠病（IBD）中，肠上皮屏障的破坏是主要特征之一。Nature刚刚发表的一项研究，用单细胞测序技术，分析了健康人和IBD患者的结肠上皮细胞亚型，发现了一种参与维持pH平衡的新吸收细胞类型，并揭示出杯状细胞及其分泌的抑菌抗蛋白酶分子WFDC2，在肠道屏障稳态中的关键作用。这些发现对于深入理解IBD中肠隐窝不同细胞类型的作用，以及相关靶向疗法，很有参考意义。（@李丹宜）
Cell：跟踪肠内分泌细胞分化的新方法
Cell[IF:31.398]
① 在小鼠或类器官中插入Neurog3Chrono报告基因，可在肠内分泌细胞（EE）开始分化时表达，从而精确定位分化细胞位置并报告分化时间；② 该方法可以准确描述EE分化阶段，辨别各亚细胞系，阐述不同细胞系的转录动态变化，解释与分化时间相关的肠嗜铬细胞和L细胞的激素表达多样性；③ 利用该方法发现，Sox4、Rfx6、Tox3、Myt1、Runx1t1和Zcchc12蛋白对EE的表型具有重要影响，是潜在的调控因子；④ 该方法有助于揭示EE的分化过程和特点。
Identification of Enteroendocrine Regulators by Real-Time Single-Cell Differentiation Mapping
01-31, doi: 10.1016/j.cell.2018.12.029
【主编评语】肠内分泌细胞的分化过程和特点一直缺乏深入研究。Cell发表的一项最新研究提供了一种实时跟踪肠分泌细胞分化、转录变化的技术，并利用该技术不仅追踪了肠内分泌细胞分化进程，并发现了至少6种新的细胞调控因子，对研究肠分内泌细胞的分化、动态变化过程具有重要借鉴价值。（@小肠君）
Nature Reviews：肠内分泌细胞和胃肠激素在代谢中的作用（综述）
Nature Reviews Endocrinology[IF:20.265]
① 肠内分泌细胞（EEC）产生一系列激素，调节食物消化吸收、胰岛素分泌和食欲；② 食物消化产物和肠道菌群及其代谢物（SCFA、次级胆汁酸、LPS等）是EEC刺激物，经G蛋白偶联受体、营养转运蛋白和离子通道等信号通路，调节EEC产生激素信号；③ 胰高血糖素样肽1（GLP1）、缩胆囊素和肠抑胃肽，在进食后迅速分泌，通过食欲减退和/或促胰岛素作用参与代谢调节；④ 减肥手术重排肠道结构，使GLP1和肽YY的餐后浓度显著升高，帮助减轻体重和2型糖尿病。
Function and mechanisms of enteroendocrine cells and gut hormones in metabolism
02-13, doi: 10.1038/s41574-019-0168-8
【主编评语】肠内分泌细胞（EEC）感知肠道内的营养和菌群等因素，分泌一系列胃肠激素参与人体代谢调节。Nature Reviews Endocrinology近期发表综述，对EEC和多种胃肠激素（胃饥饿素、胰岛素样肽5、胰高血糖素样肽1、肠抑胃肽、缩胆囊素、肽YY等）在代谢和相关疾病中的作用进行了介绍，并讨论了菌群等因素对EEC的调控机制，感兴趣的读者不妨仔细阅读。（@李丹宜）
Nature Reviews：一文读懂胃动素（综述）
Nature Reviews Endocrinology[IF:20.265]
① 空腹时，胃动素通过胆碱能途径诱导胃收缩，产生饥饿感，此时，内源性胃动素的分泌主要受十二指肠酸化和胆汁酸的调节；② 餐后胃动素的分泌受到营养物质和其他肠道激素的调节；③ 外源性胃动素或胃动素受体激动剂通过高敏感性神经受体和低敏感性肌肉受体加速胃排空，增加食管下括约肌压力，但对结肠运动无影响；④ 胃动素对饥饿感、胆囊排空和葡萄糖诱导的胰岛素分泌有促进作用；⑤ 靶向胃动素受体或可治疗轻性运动障碍，并调节饥饿感和糖代谢；
Motilin: from gastric motility stimulation to hunger signalling
01-23, doi: 10.1038/s41574-019-0155-0
【主编评语】Nature Reviews Endocrinology上发表的一篇综述文章，详细介绍了胃动素在调节饥饿感及糖代谢等生理过程中的重要作用，以及胃动素如何受到胆汁酸、肠道激素及营养物质的调节。（@沈志勋）
Cell子刊：噬菌体可能加重肠道炎症
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 噬菌体处理无菌小鼠可导致肠道内免疫细胞扩增；② 乳酸菌、大肠杆菌和拟杆菌属噬菌体通过TLR9激活IFN-γ，导致的免疫应答反应具有噬菌体、细菌特异性；③ 噬菌体丰度的增加，会通过TLR9和IFN-γ加重结肠炎；④ 粪菌移植产生疗效的溃疡性结肠炎（UC）患者，其肠道噬菌体丰度低于无疗效的患者，粘膜IFN-γ与噬菌体丰度正相关；⑤ 与健康个体相比，UC患者的噬菌体可诱导更多的IFN-γ并加重结肠炎，阻断TLR9/IFN-γ可减轻噬菌体介导的炎症。
Expansion of Bacteriophages Is Linked to Aggravated Intestinal Inflammation and Colitis
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.008
【主编评语】噬菌体是广泛分布于肠道菌群中。Cell Host and Microbe近期发表研究，发现噬菌体可改变哺乳动物粘膜免疫，进而影响健康。本研究有助于阐释人类结肠炎病症程度和治疗有效性，也有助于拓展肠道病毒组研究，值得参考。（@小肠君）
Cell子刊：肠道菌群可预测病毒组结构
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 在21对有相似或不同肠道菌群多样性的成人同卵双胞胎中，肠道病毒组具有高度特异的个体差异型；② 噬菌体在肠道病毒组中占优势地位，主要为长尾噬菌体目、微小噬菌体科、短尾病毒科和长尾病毒科；③ 菌群的丰度和多样性与病毒的丰富度和多样性存在对应性，与菌群相似的双胞胎相比，菌群不同的双胞胎有更多不同的病毒，菌群的多样性越高，病毒组亦然；④ 病毒组的多样性模式由噬菌体驱动，而非真核病毒；⑤ 肠道菌群结构可用于预测病毒组结构。
Virome Diversity Correlates with Intestinal Microbiome Diversity in Adult Monozygotic Twins
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.019
【主编评语】人类肠道病毒组具有高度变异性。本研究通过比较同卵成年双胞胎的肠道菌群与病毒组多样性之间的关联，发现尽管病毒组具有高度宿主特异性，其结构和多样性与肠道菌群存在对应关系，并强调了噬菌体在肠道病毒组中的核心作用，值得参考。（@小肠君）
Cell子刊：噬菌体疗法能替代抗生素吗？（综述）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 噬菌体治疗可能引起细菌产生噬菌体耐受性，但同时可能促进细菌丧失致病性或耐药性；② 动物实验中，噬菌体疗法在治疗全身性感染、胃肠道感染、肺部感染中均有成功案例；③ 噬菌体疗法和抗生素联用可加强抗菌治疗效果；④ 人体个案和临床实验中，噬菌体疗法在治疗脓毒症、尿道感染、术后感染、胰腺炎、中耳炎、腹泻和烧伤中取得一定效果。⑤ 噬菌体疗法目前还无法取代抗生素治疗，多噬菌体联合制剂、噬菌体递送方式的优化有待进一步研究。
Phage Therapy: A Renewed Approach to Combat Antibiotic-Resistant Bacteria
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.014
【主编评语】近年来对噬菌体疗法用于细菌感染治疗的关注有所回升。本综述回顾了噬菌体疗法及相关研究的历史，比较了噬菌体疗法与抗生素治疗，并强调了两者联合使用的潜力；同时回顾了近年来噬菌体疗法在动物研究、人体个案和临床研究中取得的进展，并指出其潜在局限性和发展方向，对于全面了解噬菌体疗法具有参考价值。（@小肠君）
Cell子刊：胃肠道中噬菌体与细菌的相互作用（综述）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 胃肠道中噬菌体-细菌（PBIs）共存是动态和互依的；② PBIs存在共进化现象，PBIs互作网络兼具嵌套和模块化网络特点，PBIs共进化可能受到所在器官、组织位置的影响；③ PBIs间的对抗作用形成复杂的互作网络，影响噬菌体和细菌数量动态变化；④ 噬菌体的活性同时影响自身丰度和细菌行为，在宿主炎症状态下介导细菌间基因转移；⑤ 研究PBIs互作需要考虑宿主因素，建立新实验模型并考虑PBIs互作对药物疗效等其他生物相关过程的影响。
The Battle Within: Interactions of Bacteriophages and Bacteria in the Gastrointestinal Tract
02-13, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.018
【主编评语】肠道菌群与人类健康息息相关。本综述系统性总结了近年肠道噬菌体-细菌互作的研究成果，强调了宿主因素对噬菌体-细菌互作的影响。该综述对 阐释肠道菌群中噬菌体-细菌互作机制，发现微生物相关疾病因素有参考价值。（@小肠君）
感谢本期日报的创作者：小肠君，李丹宜，华南农大-米见对，迟卉，Roxy，女巫，沈志勋，祁玉丽，张玲，米见对，许世樱
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