打开黑箱，揭秘粪菌移植的机制 | 热心肠日报
今天是第1021期日报。
粪菌移植治疗艰难梭菌感染，菌群胆盐水解酶很关键
Gut[IF:17.016]
① 粪菌移植治疗复发性艰难梭菌感染（rCDI）后，患者粪便中产胆盐水解酶（BSH）菌富集；② 产BSH菌的相对丰度与粪便中牛磺胆酸（TCA）呈负相关，TCA被BSH水解为胆酸，随后代谢为脱氧胆酸，后者可有效抑制艰难梭菌生长；③ 在批次培养中，产BSH菌的培养上清可抑制TCA介导的艰难梭菌萌发；④ 与给予BSH阴性大肠杆菌的小鼠相比，高表达活性BSH的大肠杆菌显著减少了rCDI小鼠粪便中的艰难梭菌；⑤ 恢复肠道菌群的BSH活性可能是粪菌移植治疗rCDI的机制。
Microbial bile salt hydrolases mediate the efficacy of faecal microbiota transplant in the treatment of recurrent Clostridioides difficile infection
01-15, doi: 10.1136/gutjnl-2018-317842
【主编评语】粪菌移植可有效治疗复发性艰难梭菌感染，但具体的作用机制尚未明确。来自Gut上的一项最新研究，发现粪菌移植可能通过恢复肠道菌群的胆盐水解酶活性，以促进牛磺胆酸的水解，从而发挥疗效。（@沈志勋）
生物膜——微生物存在的主要形式？
Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]
① 地球上细菌和古细菌大约1.2×10的30次方细胞数量，大部分存在于深海地层、海洋沉积物、深层大陆、土壤和海洋等五大生境；② 其中40-80％的细胞以生物膜形式存在，驱动所有生物地球化学过程，代表活跃细菌和古细菌生命的主要方式；③ 生物膜是微生物一种集体生活方式并特化出许多涌现性特征，包括界面聚集、表面黏附、保水、吸收和保留营养、增强抗性和集体协作等；④ 动植物肠道、根际和叶际定植的微生物群落也表现出许多生物膜特征。
Bacteria and archaea on Earth and their abundance in biofilms
02-13, doi: 10.1038/s41579-019-0158-9
【主编评语】新加坡SCELSE生物膜研究中心的Hans-Curt Flemming和Stefan Wuertz教授在Nature Reviews Microbiology上面发表分析论文指出，地球微生物的主要存在形式是生物膜。特别是在土壤和沉积物中，生物膜几乎是全部微生物活性的贡献者。（@高春辉）
中科院城环所苏建强团队：厦门周边空气菌群的季节性和地区性差异
Science of the Total Environment[IF:4.61]
① 厦门夏季空气微生物（AM）的多样性高于春季，从高到低依次是农村、城市和郊区，春季各地区间无差异；② 厚壁菌门和变形菌门是AM的优势菌，春季厚壁菌门丰度高于夏季，变形菌门和酸杆菌门则相反；③ 芽胞杆菌属、不动细菌属、短芽孢杆菌属是AM的优势属，AM的组成也与各类环境因子有关；④ 城市化对空气微生物和病原菌组成的影响具有季节依赖性，城市化增加了潜在病原菌（如伯克霍尔德菌、嗜热链球菌、屎肠球菌）的丰度，尤其是在医院附近。
Spatial and seasonal variation of the airborne microbiome in a rapidly developing city of China
02-03, doi: 10.1016/j.scitotenv.2019.01.367
【主编评语】中科院城环所苏建强研究员日前发表了对厦门周边空气中微生物组的研究结果，发现空气菌群随季节变化，且具有城乡差异。（@高春辉）
地中海饮食扭转空气污染的不良影响
Circulation[IF:18.88]
① 纳入美国548845名参与者进行17年的随访，发现地中海饮食可以降低空气污染相关的心血管疾病死亡风险；② 长期暴露于环境空气污染与心血管死亡率增加显著相关，其中PM2.5与心血管疾病、缺血性心脏病、脑血管疾病有关，NO2与心血管疾病、缺血性心脏病有关，③ 地中海饮食可扭转长期暴露于空气污染所导致的心血管不良影响，地中海饮食指数越高，污染相关死亡风险越低；④ 地中海饮食的促健康作用，可能与其中抗氧化剂的食物含量高有关。
Mediterranean Diet and the Association Between Air Pollution and Cardiovascular Disease Mortality Risk
01-31, doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.118.035742
【主编评语】饮食可能缓解环境污染对健康的不良印象。本研究纳入美国548845名参与者，发现地中海饮食模式可以缓解空气污染相关的心血管疾病死亡率。该成果对预防、缓解心血管疾病，开发有效饮食干预手段具有参考价值。（@小肠君）
浙江工业大学：饮用水中的N-亚硝胺混合物改变大鼠肠道菌群并增加肥胖风险
Environmental Pollution[IF:4.358]
① 高浓度的N-亚硝胺类化合物可能有致癌作用，饮用水中检测到的N-亚硝胺浓度通常非常低；② 低剂量（饮用水中检测到的最高浓度值）及高剂量（比检测到的最高浓度高一个数量级）N-亚硝胺混合物处理大鼠，干预持续7天；③ 在高剂量组N-亚硝胺混合物处理的雄性大鼠中，体重增加及三酰甘油水平显著增加；④ 同时，检测到这些大鼠肠道中的致肥胖菌群谱：厚壁菌门/拟杆菌门比值增加，肥胖相关分类群（瘤胃球菌属及Alistipes等）富集。
Consumption of drinking water N-Nitrosamines mixture alters gut microbiome and increases the obesity risk in young male rats
02-04, doi: 10.1016/j.envpol.2019.02.012
【主编评语】来自浙江工业大学Siqing Yue团队在Environmental Pollution上发表的一项最新研究，分析了N-亚硝胺混合物对大鼠肠道菌群的影响，发现较高剂量的N-亚硝胺混合物处理可增加肥胖相关菌群的丰度。（@沈志勋）
上海交大医学院：警惕传统中草药、膳食补充剂和抗结核药物的肝脏毒性
Gastroenterology[IF:20.773]
① 25,927例药物性肝损伤（DILI）住院病例的统计分析，估计一般人群年发病率为23.80/10,0000人，高于西方国家；② 传统中草药、膳食补充剂以及抗结核药物是导致DILI的主要物质；③ 超过半数的DILI病例出现了肝细胞损伤，其次是混合性损伤和胆汁淤积性损伤；④ 少数病例发展到危及生命甚至死亡， 208例肝功能衰竭，2例接受肝移植，102例患者死亡；⑤ 死亡病例中，72例被认为主要由DILI引起，21例中DILI起辅助作用。
Incidence and Etiology of Drug-Induced Liver Injury in Mainland China
02-08, doi: 10.1053/j.gastro.2019.02.002
【主编评语】中国大陆的药物性肝损伤发病率高于西方国家。本回顾性人群研究发现，传统中草药、膳食补充剂以及抗结核药物是导致药物性肝损伤的主要物质。本结果对研究我国药物性肝损伤的流行状况和发病原因具有重要参考价值。（@小肠君）
整合素连接激酶——慢性肾病治疗的潜在新靶点
Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Basis of Disease[IF:5.108]
① 在野生型小鼠及整合素连接激酶（ILK）敲低小鼠中，利用富含腺嘌呤的饮食诱导小鼠发生慢性肾病；② 野生型小鼠中，血浆中的肌酸酐及尿素逐渐升高；③ 肾皮质中可观察到肾小管损伤、间质纤维化，以及细胞外基质组分、促炎因子、趋化因子、上皮间质转化标志物及TGF-β1的增加；④ 上述表型与ILK表达及活性的增加显著相关，在ILK敲低小鼠中，上述表型得到抑制；⑤ 在诱导慢性肾病发生后敲低ILK，可抑制疾病的进展。
Chronic kidney disease induced by an adenine rich diet upregulates integrin linked kinase (ILK) and its depletion prevents the disease progression
02-03, doi: 10.1016/j.bbadis.2019.01.024
【主编评语】Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Basis of Disease上发表的一项最新研究，发现敲低整合素连接激酶，可抑制富含腺嘌呤的饮食引起的小鼠慢性肾病的进展，为慢性肾病的治疗提供了一个潜在的新靶点。（@沈志勋）
难消化的淀粉促进丁酸生产
Molecular Nutrition and Food Research[IF:5.151]
① 厚壁菌门中包含许多可利用抗性淀粉（RS）的丁酸产生菌，海藻酸淀粉包埋微球（SM）作为一种合成RS，可增加人粪便发酵液中丁酸的含量；② 分别饲喂小鼠2型RS（RS2，来自生马铃薯）或SM，2周后检测短链脂肪酸和粪便菌群结构的变化；③ SM小鼠肠道远端丁酸mol%比RS2小鼠高2.4倍；④ SM可降低拟杆菌门的相对丰度，增加厚壁菌门数量，类似的组成变化在RS2小鼠中未出现；⑤ SM可作为潜在的肠道远端消炎剂并改善肠道屏障功能。
Physical Inaccessibility of a Resistant Starch Shifts Mouse Gut Microbiota to Butyrogenic Firmicutes
01-19, doi: 10.1002/mnfr.201801012
【主编评语】革兰氏阳性和阴性菌分解抗性淀粉的方式存在差异。本文报道了一种合成的抗性淀粉，可以选择性增加肠道中产丁酸细菌丰度和丁酸含量。该结果对于开发肠道菌群的靶向调控具有参考价值。（@小肠君）
感谢本期日报的创作者：Mona，刘永鑫，米见对，吴芹，沈志勋，Roxy，Mayday
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