3月，最值得看的35篇肠道健康文献！| 热心肠日报
今天是第2488期日报。
CA：2023年的结直肠癌统计数据
CA - A Cancer Journal for Clinicians[IF:286.13]
① 2023年，预计全球将确诊153,020例结直肠癌，52,550例结直肠癌死亡；② 21世纪前十年，结直肠癌发病率每年降低3%-4%，2011-2019年每年降低1%，但＜55岁的结直肠癌发病率及比例不断增加；③ 2011-2020年间，结直肠癌死亡率每年降低2%，但＜50岁的结直肠癌死亡率每年增加0.5%-3%；④ 因筛查普及，1995-2005年间的晚期结直肠癌诊断率降低，但2005年后，该趋势因＜65岁的结直肠癌的晚期率增加而逆转；⑤ 直肠癌比例从1995年的27%增加至2019年的31%。
Colorectal cancer statistics, 2023
03-01, doi: 10.3322/caac.21772
【主编评语】CA - A Cancer Journal for Clinicians上发表了2023年的结直肠癌统计数据，近二十多年来，结直肠癌的发病率不断降低，但较年轻的结直肠癌的发病率不断增加；另外，左侧结肠癌及直肠癌的比例呈上升趋势，而晚期结直肠癌的比例在近十多年有所增加。（@aluba）
NEJM：喝咖啡对健康有什么短期影响？
New England Journal of Medicine[IF:176.079]
① 纳入100名健康成年人进行随机病例交叉试验，通过手机App和可穿戴传感器评估心脏、步数、睡眠和血糖等参数，研究含咖啡因咖啡对健康状况的急性影响；② 喝咖啡日与无咖啡日的每日房性期前收缩次数分别为58次和53次（差异不显著），室性期前收缩次数分别为154次和102次；③ 喝咖啡和无咖啡还分别与以下情况相关：每日10,646步和9665步，每晚睡眠时间397分钟和432分钟，血糖水平95 mg/dL和96 mg/dL。
Acute Effects of Coffee Consumption on Health among Ambulatory Adults
03-23, doi: 10.1056/NEJMoa2204737
【主编评语】咖啡是常见饮料，但喝咖啡对健康状况有哪些短期（急性）效应，目前尚不明确。有观点认为咖啡有致心律失常作用。NEJM近期发表一项研究，通过随机交叉试验对这一问题进行了探究。该研究表明，与避免摄入咖啡因相比，喝咖啡并未显著增加每日房性期前收缩次数，但会增加室性期前收缩次数，且可能对步数和睡眠时长有影响。（@mildbreeze）
中山一院JAMA：Olamkicept可有效诱导活动性溃疡性结肠炎患者的临床应答
JAMA[IF:157.335]
① 91名活动性溃疡性结肠炎患者随机均分为三组，每两周静注Olamkicept 600mg、300mg或安慰剂，持续12周；② 600mg组、300mg组及安慰剂组的临床应答率分别为58.6%、 43.3%及34.5%，600mg组的临床应答率显著高于安慰剂组；③ 25个次要终点中，600mg组及300mg组分别有16个及6个显著优于安慰剂组；④ 600mg组、300mg组及安慰剂组的治疗相关不良事件发生率分别为53.3%、58.1%及50%；⑤ 最常见不良事件：尿胆红素升高、高尿酸血症、天冬氨酸转氨酶升高。
Effect of Induction Therapy With Olamkicept vs Placebo on Clinical Response in Patients With Active Ulcerative Colitis - A Randomized Clinical Trial
03-07, doi: 10.1001/jama.2023.1084
【主编评语】Olamkicept是一种可溶性gp130-Fc融合蛋白，通过结合可溶性IL-6受体/IL-6复合物，从而选择性地抑制IL-6信号通路。中山大学附属第一医院的陈旻湖团队在JAMA上发表的一项2期临床试验结果，在91名活动性溃疡性结肠炎患者中，每两周静脉注射600mg Olamkicept，可显著诱导临床应答，且安全性良好。（@aluba）
Nature：甜味剂三氯蔗糖可抑制T细胞应答
Nature[IF:69.504]
① 小鼠和细胞实验表明，高剂量摄入三氯蔗糖可减少CD8+和CD4+ T细胞的增殖，并抑制其向产IFNγ的谱系分化，从而产生免疫调节作用；② 机制上，三氯蔗糖选择性地影响T细胞的细胞膜，降低T细胞受体信号传导和胞内钙动员的效率；③ 服用高剂量三氯蔗糖，可降低皮下肿瘤模型和细菌感染模型小鼠的抗原特异性CD8+ T细胞应答，对抗肿瘤和抗感染有不良影响，但能够减轻1型糖尿病和结肠炎模型小鼠的T细胞介导的自身免疫反应。
The dietary sweetener sucralose is a negative modulator of T cell-mediated responses
03-15, doi: 10.1038/s41586-023-05801-6
【主编评语】人工甜味剂对生物体健康的影响是近年来备受关注的研究方向。三氯蔗糖是广泛使用的人工甜味剂，近年研究表明高剂量摄入三氯蔗糖可能带来健康隐患。Nature最新发表的这项研究发现，在小鼠中，摄入高剂量三氯蔗糖（相当于欧洲食品安全局规定的每日人体摄入量的上限）可以削弱T细胞介导的免疫反应，从而对抗肿瘤和抗感染免疫造成不良影响，但在另一方面，可以减轻T细胞依赖性的自身免疫疾病。这些发现给高剂量摄入三氯蔗糖的安全性敲响了警钟，同时也提示三氯蔗糖或能用于改善T细胞介导的自身免疫疾病。（@mildbreeze）
Nature：肠嗜铬细胞可驱动腹痛和焦虑
Nature[IF:69.504]
① 在小鼠中增强或抑制肠嗜铬细胞（EC）细胞的功能表明，EC细胞促进对肠道扩张的内脏高敏性，并介导了异戊酸（ISV）的神经致敏作用；② EC细胞对内脏高敏性的影响有性别差异，雌鼠基础神经活动较高，故沉默EC细胞对雌鼠影响更大，而ISV对雄性的致敏作用更强；③ 长时间的EC细胞激活可导致持续的内脏高敏性；④ EC细胞信号作用于黏膜神经末梢从而影响内脏疼痛；⑤ 激活或沉默EC细胞均可诱导小鼠焦虑样行为，5-羟色胺信号在前者中起介导作用。
Gut enterochromaffin cells drive visceral pain and anxiety
03-22, doi: 10.1038/s41586-023-05829-8
【主编评语】在肠易激综合征等胃肠道疾病中，腹痛/内脏疼痛是常见症状。肠嗜铬（EC）细胞是肠上皮细胞中罕见的可兴奋的、5-羟色胺能神经内分泌细胞，能检测并将刺激信号传递给附近的黏膜神经末梢。Nature最新发表的一项研究通过体外、离体和转基因小鼠模型实验，揭示了EC细胞在内脏疼痛和焦虑中的作用，以及其中存在的性别差异，并提出了诱发内脏高敏性（hypersensitivity）和研究内脏疼痛的性别差异的遗传模型。（@mildbreeze）
Cell：高蛋白饮食或可“助眠”，肠道分泌的神经肽有关键作用
Cell[IF:66.85]
① 在果蝇中筛选调节睡眠唤醒能力的基因，发现一条信号通路能将膳食蛋白质信息从肠道传至大脑，使动物睡眠时不易被机械振动唤醒；② 高蛋白饮食激活肠内分泌细胞，使其释放多肽CCHa1，CCHa1将信号传递给大脑中的一群多巴胺神经元，从而调节动物对振动的反应性；③ 果蝇和小鼠进食高蛋白食物可降低睡眠时对振动的敏感性，不易被唤醒；④ CCHa1途径和膳食蛋白质不影响对其他感觉输入的反应性（如热觉），说明不同的感觉模态由不同机制进行门控。
A gut-secreted peptide suppresses arousability from sleep
03-22, doi: 10.1016/j.cell.2023.02.022
【主编评语】良好的睡眠需要身体在入睡后抑制对外界信号的反应性。然而，动物在睡眠中如何能够忽略周围环境信号，其机制尚不清楚。Cell最新发表的一项来自哈佛医学院的研究，发现高蛋白饮食能让果蝇和小鼠睡得更沉——睡眠时不易被机械振动唤醒。研究者在果蝇中鉴定出介导该作用的肠脑轴通路：高蛋白饮食可促进肠内分泌细胞分泌一种神经肽CCHa1，它向大脑中的多巴胺能神经元发出信号，从而抑制睡眠时对振动信号的反应性。（@mildbreeze）
Science：共生菌适应宿主肠道的一种新分子机制
Science[IF:63.714]
① 多形拟杆菌（Bt）的转录终止蛋白Rho含有内在无序结构域（IDR），对Bt在小鼠肠道中的适应性很重要；② 在体外，IDR能促进Rho发生液-液相分离，根据盐和蛋白质浓度及RNA的存在而形成液滴；③ 小鼠实验显示，Rho以IDR依赖的方式在Bt中凝聚形成无膜区室（相分离），从而应对碳源不足和肠道环境；④ IDR依赖的相分离能增强Rho的转录终止活性，且对特定基因的转录终止有关键作用；⑤ IDR调控Bt的全局基因表达，包括在肠道内生存所需的一些关键基因。
Bacteria require phase separation for fitness in the mammalian gut
03-16, doi: 10.1126/science.abn7229
【主编评语】通过操纵肠道菌群来改善宿主健康，具有广阔前景。理解细菌在肠道内定植的机制，可为临床进行菌群干预提供新思路。Science最新发表的这项研究报道了一种增强共生菌在宿主肠道内的适应性的新机制。该研究表明，人类肠道中常见的共生细菌——多形拟杆菌，其转录终止因子Rho能通过发生相分离，控制细菌基因表达，从而促进细菌在小鼠肠道中的适性和定植。（@mildbreeze）
Science：早发性结直肠癌简介（一图读懂）
Science[IF:63.714]
① 1990年代以来，EOCRC的发病率每年增加2%-4%；② 相比于晚发性结直肠癌（LOCRC），EOCRC通常具有家族史，并表现为微卫星不稳定性，确诊时更多为转移性/晚期；③ EOCRC的分子特征为：低分化、长散在重复序列-1（LINE-1）低甲基化；④ EOCRC的临床特征为：更多发生在左侧结肠及直肠；⑤ Lynch综合征是最常见的导致EOCRC的原因；⑥ 代谢综合征、含糖饮料、红肉/加工肉类、西式饮食、肥胖、久坐等环境因素可能增加EOCRC及LOCRC的风险。
A common cancer at an uncommon age
03-16, doi: 10.1126/science.ade7114
【主编评语】50岁前确诊的结直肠癌被定义为早发性结直肠癌（EOCRC）。Science上发表的一篇Perspective，简单介绍了EOCRC的风险因素、分子特征及临床特征。（@aluba）
Nature子刊：揭开肠道菌群与CAR-T免疫治疗效果间的神秘关系
Nature Medicine[IF:87.241]
① 一项多中心前瞻队列纳入172名B细胞淋巴瘤患者，分析肠道菌群和潜在混杂因素与CAR-T疗效的关系；② 治疗前使用广谱抗生素（高风险抗生素）与疗效不佳相关，这可能与治疗前更严重的肿瘤负担和系统炎症有关；③ 在没使用高风险抗生素的患者中，基线肠道菌群特征（如长双歧杆菌和肽聚糖合成通路）与治疗结果相关；④ 对于这些患者，基于基线菌群的机器学习模型可预测应答和非应答者，拟杆菌、瘤胃球菌、真杆菌、Akk菌的特定菌种有主要贡献，Akk菌还与治疗前的外周T细胞水平相关。
A non-antibiotic-disrupted gut microbiome is associated with clinical responses to CD19-CAR-T cell cancer immunotherapy
03-13, doi: 10.1038/s41591-023-02234-6
【主编评语】越来越多的证据表明，肠道菌群可以调节癌症免疫疗法的疗效。嵌合抗原受体（CAR）-T细胞疗法作为一种前沿免疫疗法，为难治性和复发性B细胞白血病或淋巴瘤患者提供了新的治疗选择，但最多只有40%的患者能获得完全和长期缓解，疗效的异质性阻碍了该疗法的临床应用。Nature Medicine最新发表了由Eran Elinav团队领衔的多团队合作研究，对德国和美国的5个中心的B细胞淋巴瘤患者队列进行了前瞻性分析，为肠道菌群对CAR-T疗法效果的潜在调节作用提供了新证据。该研究表明，在开始CAR-T治疗前，患者的基线肠道菌群特征可以预测之后对治疗的应答情况，但前提是这些患者没有预先使用广谱抗生素，因为这会破坏菌群与治疗反应间的关联。总之，这些发现对开发基于肠道菌群的CAR-T疗效预测方法具有重要参考价值。（@mildbreeze）
Nature子刊：菌群-免疫系统互作失调或增加ICU院内感染
Nature Medicine[IF:87.241]
① 一项针对危重症患者的前瞻性纵向队列研究，发现肠道菌群失调与宿主防御受损、医院感染频率增加有关；② 急性危重症期间的肠道菌群和免疫动力学高度相互关联，并以肠杆菌科富集、髓系细胞反应失调和全身炎症放大为主，对宿主防御的适应性免疫影响较小；③ 肠道肠杆菌科富集与先天性抗菌效应反应受损（包括功能低下和未成熟的中性粒细胞）相关，并与各种细菌和真菌病原体感染的风险增加相关。
Dysbiosis of a microbiota–immune metasystem in critical illness is associated with nosocomial infections
03-09, doi: 10.1038/s41591-023-02243-5
【主编评语】ICU中的危重症患者的肠道菌群发生巨大变化，这与院内感染的高风险以及导致的不良结局有关。肠道菌群有助于维持全身的免疫稳态，肠道失调可能导致免疫防御感染的缺陷。Nature Medicine近期发表的文章，发现肠道微生物群和全身免疫反应之间相互关联的失调可能导致宿主防御受损，并导致危重症患者对院内感染的易感性。（@章台柳）
复旦Nature子刊：预防慢性疾病，哪些饮食模式效果最佳？
Nature Medicine[IF:87.241]
① 纳入3个大型队列20万余人长达32年随访数据，前瞻性评估2种基于机制的饮食模式和6种基于饮食建议的饮食模式与主要慢性疾病（主要心血管病+2型糖尿病+癌症）的关系；② 坚持健康饮食与较低的主要慢性疾病风险相关（高依从性vs低依从性 HR=0.58-0.80）；③ 低胰岛素、低炎症和降低糖尿病风险的饮食模式，在降低主要慢性疾病风险方面效果最好（HR分别为0.58、0.57和0.61）；④ 基于性别和种族的亚组分析也有相似发现。
Optimal dietary patterns for prevention of chronic disease
03-13, doi: 10.1038/s41591-023-02235-5
【主编评语】饮食对疾病风险有重要影响，但哪些饮食模式在降低慢性疾病风险方面更为有效？Nature Medicine最新发表了来自哈佛大学公共卫生学院、复旦大学公共卫生学院Peilu Wang与团队的研究成果，分析了美国3个大型队列（HPFS、NHS、NSHII）的数据，评估8种饮食模式（rEDIH、rEDIP、AHEI-2010、AMED、hPDI、DASH、DRRD、WCRF）与主要慢性疾病风险的关系。结果表明，坚持低胰岛素、低炎症或减少糖尿病风险的饮食，可能在降低慢性疾病（主要心血管疾病、2型糖尿病和癌症）风险方面效果最佳。（@mildbreeze）
Nature Reviews：炎症疾病中的肠道B细胞（综述）
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:73.082]
① 肠道B细胞反应在有组织的肠道相关淋巴组织（GALT）中启动；② GALT中产生的分泌抗体的浆细胞及其直接前体可广泛传播，广泛分布于固有层；③ 尽管GALT中表达IgG的记忆B细胞在健康人中并不常见，但分泌IgG的肠道浆细胞却较为常见；④ 在IBD中，肠道IgG浆细胞是肠道炎症的主要贡献者；⑤ 菌群从多个方面（从确定IgA反应的特异性，到驱动调节性B细胞的功能）塑造了肠道B细胞应答。
Human intestinal B cells in inflammatory diseases
02-27, doi: 10.1038/s41575-023-00755-6
【主编评语】Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇综述，详细讨论了肠道B细胞在肠道及系统性炎症疾病中发挥的作用。（@aluba）
Cell子刊：有哪些因素可促进新生儿黏膜免疫发育？（综述）
Immunity[IF:43.474]
① 新生儿黏膜免疫系统发育会经历连续且非冗余阶段，以支持婴儿的免疫发育需求建立免疫稳态；② 这些阶段受饮食和微生物刺激在内的环境线索影响，但也受独立发挥作用的进化发育程序影响；③ 在生命早期，对外源刺激的免疫反应会受到严格调控，且在新生儿的“机会窗口”时期的免疫发育，会决定免疫系统未来将如何对饮食、微生物和病原体反应；④ 生命早期的母乳喂养、环境和微生物刺激，影响免疫和代谢稳态，及患哮喘/过敏和肥胖等疾病的风险。
Programmed and environmental determinants driving neonatal mucosal immune development
03-14, doi: 10.1016/j.immuni.2023.02.013
【主编评语】生命早期是新生儿免疫系统发育的关键时期。Immunity发表的综述中，重点讨论新生儿独特的解剖学和生理学如何使他们的免疫系统分阶段发展，如在粘膜部位，特别是肠道。同时讨论了婴儿、母亲和微生物群之间是如何互作，以确保适应性免疫的分阶段发展，及免疫系统和微生物群之间的健康关系的。最后，探讨了新生儿免疫系统的发展和与环境建立平衡的失败，是如何导致如过敏、哮喘、糖尿病等终身的慢性疾病的。（@NL）
肠道菌群的胆汁酸调节及其与疾病的关联（综述）
Gastroenterology[IF:33.883]
① 游离、结合及次级胆汁酸（BA）可作为重要分子调节宿主多种生理过程，细菌特有的胆盐水解酶（BSH）可调节BA代谢，BA水平受饮食和性别影响；② 短链脂肪酸（SCFA）通过细菌发酵产生，可影响宿主基因表达及免疫反应，也可作为GPCR的配体影响宿主代谢过程，其水平受饮食种类的影响；③ BA通过FXR受体及TGR5受体调控糖稳态、脂质稳态、胰岛素信号及炎症；④ BA失调与非酒精性脂肪性肝病、IBS、结直肠癌、神经炎症和衰老等多种疾病相关。
The Gut Microbial Bile Acid Modulation and its Relevance to Digestive Health and Diseases
02-23, doi: 10.1053/j.gastro.2023.02.022
【主编评语】Gastroenterology上发表的一篇综述，详细介绍了肠道菌群的胆汁酸代谢产物（尤其是短链脂肪酸）如何调控宿主的生理过程，并讨论了肠道菌群的胆汁酸代谢与多种疾病（非酒精性脂肪性肝病、IBS、结直肠癌、神经炎症、衰老等）的关联及背后机制。（@aluba）
口服微生态疗法+免疫检查点抑制剂，用于晚期实体瘤治疗
Annals of Oncology[IF:51.769]
① 纳入39名接受ICI治疗的晚期实体瘤患者，29名联用MET4（实际26名接受MET4治疗）；② MET4导致的不良事件发生率为17%，主要是1-2级的胃肠道反应，达到了安全性及耐受性的主要终点；③ 未达到微生态终点：联用MET4组与未联用MET4组的MET4分类群的相对丰度无显著差异；④ 联用MET组中35%的患者＞5种的MET4分类群显著增加，包括部分与ICI应答相关的分类群；⑤ 联用MET4组的ORR及临床获益率分别为35%及53%，未联用MET4组分别为14%及20%，无显著差异。
First-in-class Microbial Ecosystem Therapeutic 4 (MET4) in combination with immune checkpoint inhibitors in patients with advanced solid tumors (MET4-IO Trial)
02-28, doi: 10.1016/j.annonc.2023.02.011
【主编评语】肠道菌群与肿瘤患者对免疫检查点抑制剂（ICI）的应答相关。微生态系统疗法4（MET4）是一种口服的30种细菌组合。Annals of Oncology上发表的一项早期临床试验，在39名接受ICI治疗的晚期实体瘤患者中发现，联用MET4的安全性及耐受性良好，且相比于未联用MET4的患者，客观应答率（ORR）及临床获益率非显著地增加，部分患者的MET4分类群增加（包括部分与ICI应答相关的分类群）。（@aluba）
国内团队：新型肠道激素Famsin促进饥饿时的代谢适应
Cell Research[IF:46.297]
① 鉴定到新型激素Famsin，饥饿条件下主要由肠道分泌；② 禁食期间，Famsin促进肝脏糖异生和酮体生成，敲除小鼠小肠的Famsin则影响肝脏能量动员；③ 延长禁食时，Famsin促进小鼠降低代谢率并进入短暂休眠，以适应能量缺乏；④ Famsin通过嗅觉受体OLFR796作用于肝脏和下丘脑，激活胞内的钙信号并调节下游基因表达，进而促进小鼠饥饿时的代谢适应；⑤ 糖尿病小鼠和患者饱食后Famsin水平异常升高，抗体中和Famsin可部分改善糖尿病小鼠的血糖谱。
Famsin, a novel gut-secreted hormone, contributes to metabolic adaptations to fasting via binding to its receptor OLFR796
02-17, doi: 10.1038/s41422-023-00782-7
【主编评语】哺乳动物进化出了复杂的机制以适应能量充足与匮乏的不同状况。肠道是营养吸收的主要器官，进食过程中及进食后，肠道分泌的多种激素参与包括饱腹感、血糖在内的代谢调节。然而，肠道如何参与饥饿诱导的代谢适应在很大程度上仍然是未知的。清华大学生命科学学院王一国、浙江中医药大学第二附属医院黄平团队近日在Cell Research发表研究文章，鉴定了肠道分泌的新型激素Famsin，揭示了Fasmin促进能量动员和减少能量消耗以增强对饥饿的代谢适应的新机制。本研究还发现糖尿病患者Famsin水平紊乱，或为糖尿病治疗找到了新的可能靶点。（@芥末）
国内团队Nature子刊：环境友好的可降解塑料可导致小鼠肠道炎症
Nature Nanotechnology[IF:40.523]
① 在胃肠道中的可降解甘油三酯的脂肪酶的催化下，聚乳酸塑料微粒可被水解，并在疏水作用驱动下自聚集形成低聚物纳米颗粒；② 在小鼠模型中，聚乳酸低聚物及其纳米颗粒可在肝脏、肠道及脑中聚集，低剂量的聚乳酸塑料微粒暴露可导致肠道损伤及急性炎症；③ 机制上，聚乳酸低聚物可与基质金属蛋白酶12的催化锌指结构域高亲和力结合，导致后者失活，从而介导肠道炎症。
Oligomer nanoparticle release from polylactic acid plastics catalysed by gut enzymes triggers acute inflammation
03-02, doi: 10.1038/s41565-023-01329-y
【主编评语】"生态友好"的可生物降解塑料被认为可用于减少塑料污染，但其健康风险及对胃肠道的影响尚不清楚。复旦大学的方明亮团队、陈建民团队与安徽医科大学的黄以超团队在Nature Nanotechnology上发表的一项最新研究结果，聚乳酸塑料微粒可在胃肠道中被脂肪酶降解，形成的低聚物纳米颗粒可导致基质金属蛋白酶12失活，从而导致小鼠的肠道炎症。（@aluba）
Cell子刊：肠上皮的内质网应激如何促进Th17细胞的分化？
Immunity[IF:43.474]
① Th17细胞诱导的肠道细菌在IECs中产生了UPR（未折叠蛋白反应）；② 但即使在抗生素处理或无菌条件下，IECs中的亚丝酶细胞毒素表达或Xbp1的基因敲除同样会导致UPR和Th17细胞增加；③ 机制上，IEC中UPR的激活增强了ROS（活性氧）和嘌呤代谢产物的产生；④ 利用N-乙酰半胱氨酸或别嘌呤醇处理小鼠以减少ROS和黄嘌呤的产生，可减少与UPR升高相关的Th17细胞；⑤ 进一步发现Th17相关基因也与炎症性肠病患者的内质网应激和UPR相关。
Endoplasmic reticulum stress in the intestinal epithelium initiates purine metabolite synthesis and promotes Th17 cell differentiation in the gut
03-13, doi: 10.1016/j.immuni.2023.02.018
【主编评语】肠道中产生IL-17的辅助性T细胞需要依赖于粘附在肠道的微生物而发育，然而Th-17分化的具体机制并不清楚。近期发表在Immunity上的一篇文章发现Th17细胞可以诱导肠道细菌在IECs中产生UPR（未折叠蛋白反应），但即使在抗生素处理或无菌条件去除微生物因素后，IECs中 Xbp1的敲除也会导致UPR并增加Th17细胞。机制上，IECs中的UPR激活可促进活性氧 (ROS)和嘌呤代谢物的产生。更重要的是，他们在炎症性肠病患者中也发现Th17相关基因与患者IECs的内质网应激和UPR相关， 该发现或可为挖掘IBD的治疗提供新靶点。（@MD）
王硕等Cell子刊：肠道组织内的2种共生菌可促进肿瘤免疫监视，抑制大肠癌
Cell Host and Microbe[IF:31.316]
① 分析大肠癌患者的正常结肠组织、癌旁组织和肿瘤组织内的共生菌群，发现非肿瘤组织富含活泼瘤胃球菌（Rg）和Blautia producta（Bp）等毛螺菌科细菌，肿瘤组织富含具核梭杆菌和厌氧消化链球菌等；② 小鼠中，Rg和Bp能促进肿瘤中的CD8+ T细胞活化，抑制结肠肿瘤生长；③ 机制上，肿瘤微环境中的代谢物溶血甘油磷脂可抑制CD8+ T细胞的增殖和功能，从而促肿瘤生长，而在肿瘤中定植Rg和Bp能快速降解溶血甘油磷脂，恢复CD8+ T细胞的肿瘤免疫监视功能。
Tissue-resident Lachnospiraceae family bacteria protect against colorectal carcinogenesis by promoting tumor immune surveillance
03-08, doi: 10.1016/j.chom.2023.01.013
【主编评语】结肠组织内共生菌对肿瘤的发生和发展十分重要，然而目前更多的研究主要是致病菌的机制探索，对于肠道组织中抑制肿瘤发展的益生菌知之甚少。Cell Host and Microbe最新发表了来自中科院微生物所王硕、北京大学夏朋延、四川大学华西医院陈亿与团队的研究成果，发现在大肠癌患者中，某些毛螺菌科的共生菌——活泼瘤胃球菌（Rg）和Blautia producta（Bp）在正常和癌旁的结肠组织中富集，它们能通过降解肿瘤中的代谢物溶血甘油磷脂，促进CD8+ T细胞的免疫监视功能，从而发挥抑制肿瘤的作用。这些发现为结肠组织内共生菌群如何调控肿瘤免疫监视功能提供了新见解，具有临床转化潜力，值得专业人士关注。（@mildbreeze）
房静远+洪洁+陈豪燕Cell子刊：菌群失调相关的尿素积累或促大肠癌
Cell Metabolism[IF:31.373]
① 分析患者结直肠的正常、腺瘤和癌组织，发现肿瘤进展过程中，宿主的尿素循环代谢被激活；② 这与肠道菌群失调相关，特征为双歧杆菌等有尿素分解能力的有益菌减少、缺乏尿素分解能力的致病菌增多；③ 机制上，尿素可进入巨噬细胞，抑制p-STAT1与SAT1启动子区域结合，导致SAT1表达减少，从而抑制多胺分解代谢，引起多胺积累，诱导了巨噬细胞的促肿瘤表型；④ 用尿素循环抑制剂，或基于双歧杆菌的益生菌干预，可缓解尿素介导的小鼠肿瘤发生。
Urea cycle activation triggered by host-microbiota maladaptation driving colorectal tumorigenesis
03-23, doi: 10.1016/j.cmet.2023.03.003
【主编评语】宿主-微生物群代谢相互作用失调在结直肠癌的发生中起着关键作用。Cell Metabolism发表的来自上海交通大学房静远、洪洁、陈豪燕与团队的研究成果，发现宿主的尿素循环在结直肠肿瘤发生过程中被显著激活，伴随以缺乏尿素分解能力为特征的肠道菌群变化。尿素的积累可使巨噬细胞偏向以多胺积累为特征的促肿瘤表型。在小鼠模型中，使用尿素循环抑制剂或基于双歧杆菌的补充剂治疗，可以缓解尿素介导的肿瘤发生。总之，这项研究强调了尿素循环抑制剂或使用益生菌调节微生物组成以预防结肠直肠癌的潜在作用。（@NL）
Cell子刊：肠道真菌失调如何促进酒精肝？
Cell Host and Microbe[IF:31.316]
① 酒精相关肝病患者中，白色念珠菌（Ca）特异性Th17在血液中增多，并存在于肝脏中；② 小鼠长期服用酒精可引起Ca特异性Th17从肠道迁移到肝脏；③ 用抗真菌药减少肠道真菌，可减少小鼠肝脏Ca特异性Th17，减轻酒精诱发的肝病；④ 表达念珠菌抗原特异性TCR的转基因小鼠有更重的酒精诱发肝病，过继转移这些转基因T细胞或Ca致敏的多克隆T细胞，会加剧野生型小鼠的酒精诱发肝病；⑤ Kupffer细胞的IL17ra信号，介导了Ca致敏的多克隆T细胞的促肝病作用。
Candida albicans-specific Th17 cell-mediated response contributes to alcohol-associated liver disease
03-08, doi: 10.1016/j.chom.2023.02.001
【主编评语】酒精相关肝病伴随着肠道真菌群失调，白色念珠菌增多是一大特征，但这种真菌失调对肝病的影响尚不清楚。Cell Host and Microbe发表的一项最新研究，结合患者样本分析和小鼠实验表明，酒精可增加白色念珠菌特异性Th17细胞，这些细胞从肠道迁移至肝脏，通过作用于肝脏Kupffer细胞的IL-17受体A（IL17ra）信号，发挥促进酒精诱导的肝病的作用。用抗真菌药物抑制酒精引起的白色念珠菌过度增殖，或能通过降低白色念珠菌特异性Th17应答，改善酒精相关肝病。（@mildbreeze）
Cell子刊：肠道菌群发育会影响免疫系统的成熟
Cell Host and Microbe[IF:31.316]
① 构建拥有断奶前肠道菌群的成年小鼠，这些成年小鼠产生的外周调节性T细胞和共生IgA较少，这标志着菌群驱动的免疫系统发育不良，② 这些成年小鼠对沙门氏菌仍具有较高易感性，与幼鼠和儿童的特征相似；③ 肠道菌群成熟受限导致免疫系统发育迟缓，受限的菌群发展增加沙门氏菌感染的易感性；④ 断奶后菌群组成的转变有助于正常的免疫成熟和保护宿主免受感染；⑤ 未来或可设计断奶时的微生物干预措施，以改善人类婴儿的免疫发育。
Arresting microbiome development limits immune system maturation and resistance to infection in mice
03-29, doi: 10.1016/j.chom.2023.03.006
【主编评语】从断奶前的肠道菌群向成人样群落的转变是宿主发育的关键时期，如果破坏断奶期间的肠道菌群将会对宿主的免疫功能产生负面影响。Cell Host and Microbe近期发表的文章，发现将成年小鼠的肠道菌群限制在断奶前会抑制机体的免疫系统成熟，增加对肠道病菌感染的敏感性。（@章台柳）
Cell子刊：多途径的母婴菌群传递
Cell Host and Microbe[IF:31.316]
① 纳入120对母婴，分析出生30天内多个身体部位（母体6个、婴儿4个）菌群，评估不同部位菌群的母婴传递和早期发育；② 58.5%的婴儿菌群源自母体（母乳菌群贡献最大），母体所有部位的菌群都为婴儿多个部位的菌群提供种子；③ 分娩和喂养方式是塑造婴儿不同部位菌群的共同因素，其他因素（如有无兄弟姐妹）则影响婴儿特定部位菌群；④ 相较于阴道分娩，剖腹产使母婴间的粪便菌群转移减少，但可被其他部位的菌群补偿（母乳菌群的贡献增大）。
Mother-to-infant microbiota transmission and infant microbiota development across multiple body sites
03-08, doi: 10.1016/j.chom.2023.01.018
【主编评语】生命早期的菌群定植可以影响孩子未来的健康。Cell Host and Microbe发表的一项最新研究中，来自荷兰的研究者通过分析母亲和婴儿的多个身体部位（生态位）的菌群组成，揭示了母婴菌群播种的复杂性。该研究表明，母体对婴儿菌群的贡献因生态位而异，母乳菌群的作用尤为明显。此外，该研究证实了"辅助"播种途径的存在，当播种模式被扰乱时（如剖腹产中母婴肠道微生物播种减少），辅助途径（如母乳）可以起到部分补偿作用，即母亲能够通过替代的补偿途径将微生物传递给婴儿。（@mildbreeze）
Nature子刊：揭示乳酸杆菌改变胆汁酸组成分布促进定植抗性的新机制
Nature Microbiology[IF:30.964]
① 研究通过检测肠道乳酸杆菌科和其他共生菌的胆盐水解酶（BSHs）多样性，结构性地定位了一个可预测BSH偏好甘氨酸或牛磺酸底物的回路；② BSH特异性或选择性回路决定其底物偏好以及乳酸杆菌代谢反应，乳酸杆菌中对牛磺酸的偏好进化更快；③ 特异性不同的BSH可通过对结合胆汁酸去结合来限制体外实验中艰难梭菌孢子萌芽和生长，并抑制艰难梭菌感染小鼠模型中艰难梭菌的定植；④ BSH重塑小鼠肠道微生物结合胆汁酸库，进而抑制艰难梭菌的毒力。
Bile salt hydrolases shape the bile acid landscape and restrict Clostridioides difficile growth in the murine gut
03-13, doi: 10.1038/s41564-023-01337-7
【主编评语】胆汁酸（BA）介导宿主与微生物之间的互作，影响艰难梭菌感染机体。已知胆盐水解酶（BSH）通过对结合胆汁酸去结合改变BA库，但其结构选择性，以及对艰难梭菌的影响尚未可知。Nature Microbiology发表的文章对此进行了探讨。（@好雨）
限时进食可能增加动脉粥样硬化风险
Circulation[IF:39.918]
① 易患动脉粥样硬化的Apoe–/–和Ldlr–/-小鼠全天自由进食或限时进食（TRF）高脂饲料4周，后者进食时间限制在小鼠活动期（夜间）；② 在TRF下，小鼠肝脏脂质含量降低，肝窦内巨噬细胞浸润减少，即TRF减轻了NAFLD；③ 相反，Apoe–/–和Ldlr–/-小鼠的主动脉根部及Apoe-/-小鼠的主动脉弓和降主动脉的早期动脉粥样硬化增加，病变内的巨噬细胞聚集更多；④ 总之，TRF促进了小鼠活动期白细胞招募至颈动脉，而减少肝脏炎症和白细胞招募到微循环。
Time-Restricted Feeding Enhances Early Atherosclerosis in Hypercholesterolemic Mice
02-27, doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.122.063184
【主编评语】生活方式和饮食习惯是免疫代谢紊乱的关键诱因，包括非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）和动脉粥样硬化。限时进食（TRF）已被证明可以通过提高其昼夜节律性来改善免疫代谢功能。在长期高脂肪饮食摄入期间，TRF可抑制体重增加，提高代谢适应性，减轻NAFLD。然而，有关TRF和动脉粥样硬化发展关联性的研究却很少。近期发表于Circulation的一项动物研究发现，TRF通过增强髓性白细胞向易患动脉粥样硬化的动脉的募集，加速动脉粥样硬化的发生，这提示限时进食可能并非“百利而无一害”。未来需要进一步的研究来更好地阐明TRF对免疫系统动力学的影响，特别是在动脉粥样硬化后期。（@注册营养师陈彬林）
国内团队：山梨醇代谢或加剧IBD患者艰难梭菌感染
Gastroenterology[IF:33.883]
① 采用单中心回顾性与多中心前瞻性分析炎症性肠病（IBD）患者中艰难梭菌感染（CDI）情况及其艰难梭菌分离株的基因分型；② 并构建CDI小鼠模型研究山梨醇代谢位点对其的影响，并分析IBD患者和健康个体粪样中山梨醇浓度；③ 发现IBD特异性艰难梭菌谱系ST54丰度增加，且具有山梨醇代谢位点，能够在体外和体内代谢山梨醇；④ ST54的致病机制依赖于肠道炎症的诱导和山梨醇的存在；⑤ 山梨醇浓度在IBD活跃期患者粪样中显著高于缓解期或健康对照组。
Host sorbitol and bacterial sorbitol utilization promote C. difficile infection in inflammatory bowel disease
03-08, doi: 10.1053/j.gastro.2023.02.046
【主编评语】上海交通大学医学院附属仁济医院李敏及团队与美国NIH合作在Gastroenterology发表的文章，采用临床样本分析结合小鼠模型，深入探讨了IBD 和艰难梭菌感染之间的关系，揭示饮食中出现山梨醇可诱导炎症，促进IBD患者菌群中可利用山梨醇的艰难梭菌生长，加剧感染。（@好雨）
IBD粪便代谢组及其决定因素
Gut[IF:31.793]
① 纳入424名IBD患者和255名非IBD对照的粪便样本，并进行回归分析和全基因组关联分析；② IBD患者粪便中鉴定出300多种不同丰度的分子，鞘脂和L-尿胆素的比率可区分IBD和非IBD样本；③ 肠道菌群失调患者的胆汁酸库发生了变化，粪便代谢组和肠道菌群间具有很强的相关性，如瘤胃球菌的丰度与色胺水平呈正相关；④ 代谢产物和饮食模式之间存在158种关联，且NAT2附近的多态性与咖啡代谢密切相关。
Faecal metabolome and its determinants in inflammatory bowel disease
03-23, doi: 10.1136/gutjnl-2022-328048
【主编评语】炎症性肠病（IBD）是一种多因素免疫介导的肠道炎症性疾病，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎。近日，发表在Gut上的这篇文章，通过表征粪便中的代谢物并结合粪便宏基因组学、宿主遗传学和临床特征，旨在揭示IBD中的代谢改变。发现IBD患者代谢组的变化与饮食和手术史等通常被忽视的混杂因素无关，与肠道菌群密切相关，为未来针对肠炎的干预措施提供了支持。（@圆圈儿）
浙大Nature子刊：通过人工酶“武装”益生菌或可缓解肠道炎症和菌群失调？
Nature Nanotechnology[IF:40.523]
① 将不同比例人工酶与长双歧杆菌混合，可构建出BL@B-SAx的益生菌-人工酶体系，BL@B-SA50因其保护细菌效果最好，被选择用于体内外抗炎评价；② BL@B-SA50在模拟炎症性结肠液中稳定性较好，可增强益生菌驻留时间；③ 在UC和CD小鼠模型中，BL@B-SA50可降低活性氧水平、抑制促炎细胞因子产生、恢复肠屏障功能、增加肠道菌群丰富度和多样性；④ 在患有结肠炎的犬中，BL@B-SA50表现出突出的治疗潜力，极大地加速了人工酶武装益生菌的临床转化过程。
Artificial-enzymes-armed Bifidobacterium longum probiotics for alleviating intestinal inflammation and microbiota dysbiosis
03-27, doi: 10.1038/s41565-023-01346-x
【主编评语】炎症性肠病可由肠黏膜屏障功能障碍和肠道菌群失衡引起。传统治疗方法会使用药物来控制炎症，也会使用益生菌疗法作为辅助。然而，目前的标准做法往往会产生代谢不稳定，有限的靶向和满意度差的治疗结果。近日，浙江大学毛峥伟、王伟林、新加坡国立大学陈小元几天团队在Nature Nanotechnology发表最新研究，通过人工酶“武装”长双歧杆菌益生菌用于缓解肠道炎症和菌群失调，其治疗效果在小鼠和犬模型中得到证实，并表现出优于传统临床药物的结果，值得关注。（@九卿臣）
Nature子刊：肠上皮Nlrp10炎症小体介导肠炎保护
Nature Immunology[IF:31.25]
① Nlrp10在小鼠远端结肠上皮细胞（IECs）中表达，并由肠道菌群调节；② 在体外，Nlrp10可形成Caspase招募结构域依赖的、m-3M3FBS激活、聚肌苷酸：多环酸调节的炎症小体，驱动IL-1β和IL-18分泌；③ 在体内，Nlrp10信号在稳态下可有可无，但在自发性肠炎中具有拮抗粘膜损伤的作用；④ 全身或条件性耗尽IECs Nlrp10通过改变炎症及愈合功能，显著降低IECs caspase-1的激活，并增加DSS诱导的结肠炎的易感性。
Epithelial Nlrp10 inflammasome mediates protection against intestinal autoinflammation
03-20, doi: 10.1038/s41590-023-01450-z
【主编评语】与其他核苷酸寡聚结构域样受体不同，Nlrp10缺乏典型的富含亮氨酸的重复结构域，表明它无法进行信号传感和炎症体形成，但其功能至今未知。近日，发表在Nature Immunology上的这篇文章，Nlrp10可形成炎症小体复合物驱动IL-1β和IL-18的分泌，并在结肠炎中发挥抗炎和粘膜愈合的功能。（@圆圈儿）
基于瘤内菌群特征的分型或可预测大肠癌预后
Gastroenterology[IF:33.883]
① 对423例I-IV期结直肠癌（CRC）患者的癌组织和癌旁组织进行细菌16S rRNA测序，以瘤内菌群亚型（OCS）对CRC归类；② 21%为富含梭杆菌等口腔病原体的OCS1，多位于右侧，级别较高，MSI-H、CpG岛甲基化表型阳性，多含BRAF V600E和FBXM7突变；③ 44%为富含厚壁菌门和拟杆菌门的OCS2，35%为富含埃希氏菌和志贺氏菌的OCS3，均左侧多发且显示染色体不稳定性；④ 独立验证队列中，II/III期的MSS或左侧肿瘤CRC患者中，OCS1和OCS3的总生存期较OCS2差。
Onco-microbial community profiling identifies clinico-molecular and prognostic subtypes of colorectal cancer
03-16, doi: 10.1053/j.gastro.2023.03.205
【主编评语】健康成人的结直肠上皮中有超过1000中细菌定植，而肠道菌群的失调与结直肠癌的发生有关，有证据表明与癌旁组织相比，结直肠癌内的菌群存在种类和相对丰度的改变。那么结直肠癌瘤内菌群与肿瘤分型及预后是否相关呢？澳大利亚墨尔本大学等机构的研究人员近日在Gastroenterology发表文章，对结直肠癌组织内的菌群进行测序并根据特征分类，从而将结直肠癌划分成3个具有不同临床分子特征和预后的亚组，表明基于瘤内菌群特征的结直肠癌分类方法是可行的，或有助于辅助结直肠癌的药物研究和临床治疗。（@芥末）
国内团队Cell子刊：肠道菌群及其代谢物或可诱发女性抑郁症
Cell Metabolism[IF:31.373]
① 患有抑郁症的绝经前女性血清中雌二醇降低；② 来自绝经前抑郁女性的肠道菌群可降解雌二醇，并进一步分离鉴定为菌株Klebsiella aerogenes TS2020；③ 接受绝经前抑郁女性粪便移植的小鼠表现出抑郁样行为；④ TS2020灌胃诱导小鼠抑郁样行为；⑤ TS2020表达可降解雌二醇的3β-羟基类固醇脱氢酶（3β-HSD）；⑥ 特异性表达3β-HSD的大肠杆菌灌胃可诱导小鼠出现抑郁样行为；⑦ 较非抑郁症女性，TS2020和3β-HSD在绝经前抑郁症女性中表达更高。
Gut-microbiome-expressed 3β-hydroxysteroid dehydrogenase degrades estradiol and is linked to depression in premenopausal females
03-17, doi: 10.1016/j.cmet.2023.02.017
【主编评语】抑郁症是一个全球性问题，女性的发病率大约是男性的两倍。这种性别差异与雌二醇水平的变化有关，雌二醇对于维持健康的情绪很重要。在啮齿动物中，低血清雌二醇水平可诱发抑郁行为，并且绝经前女性抑郁症患者体内的雌二醇水平下降。然而，这种下降的原因仍不完全清楚。武汉大学人民医院李艳教授、王高华教授和刘忠纯教授团队在Cell Metabolism上发表最新研究性文章，揭示 雌二醇降解菌通过3β-羟基类固醇脱氢酶降低血清雌二醇含量，从而导致抑郁行为。提示雌二醇降解菌和3β-羟基类固醇脱氢酶是绝经前女性抑郁症治疗的潜在干预靶点。（@RZN）
Nature子刊：肠道T细胞如何影响心理应激反应？
Nature Immunology[IF:31.25]
① 分析压力敏感型小鼠和重度抑郁症患者的微生物组特征，发现肠道菌群中某些乳杆菌减少；② 乳杆菌（参与T细胞分化以保护宿主免疫系统）的减少，与产IL-17 的结肠γδ T细胞（γδ17 T细胞）的分化增多和在脑膜的积累相关，从而促进压力诱导的小鼠社交回避行为；③ γδ T细胞表达的先天免疫受体Dectin-1介导了慢性压力诱导的结肠γδ17 T细胞分化和社交回避，口服dectin-1配体茯苓聚糖可抑制这些变化。
Dectin-1 signaling on colonic γδ T cells promotes psychosocial stress responses
03-20, doi: 10.1038/s41590-023-01447-8
【主编评语】肠道免疫系统与共生菌群相互作用以维持肠道稳态。压力可导致菌群组成改变，可能进一步促进大脑功能受损；然而，肠道免疫系统如何介导这些肠-脑轴效应尚待揭示。Nature Immunology近期发表文章，发现结肠γδ T细胞能通过dectin-1信号，调节对慢性社会压力的心理应激反应。这些发现或能为预防和治疗压力相关精神疾病（如抑郁症）提供新的干预思路。（@章台柳）
Science子刊：揭示肠道菌群促进肠外抗肿瘤免疫的关键机制
Science Immunology[IF:30.63]
① 免疫检查点阻断治疗（ICT）诱导特定的内源性肠道细菌易位至次级淋巴器官（肠系膜淋巴结（MLN）和肿瘤引流淋巴结（TDLN））和皮下黑色素瘤；② 大量的细菌易位激活DC，并诱导抗肿瘤效应T细胞反应，而DC也有助于肠道细菌易位至次级淋巴器官；③ MLN调节TDLN和肿瘤内肠道细菌依赖性的抗肿瘤反应；④ ICT诱导MLN中HEV小静脉的淋巴管生成和扩张；⑤ 抗生素治疗导致肠道细菌向MLN和TDLN的转移减少，减弱DC和效应CD8+T细胞反应，减弱机体对ICT的响应。
Immune checkpoint blockade induces gut microbiota translocation that augments extraintestinal antitumor immunity
03-03, doi: 10.1126/sciimmunol.abo2003
【主编评语】肠道微生物群，特别是肠道细菌，对于免疫检查点阻断治疗（ICT）癌症的效果至关重要。然而，肠道微生物群如何增强肠外抗癌免疫反应，尚不清楚。Science Immunology近期发表的文章，发现ICT诱导特定的内源性肠道细菌易位至次级淋巴器官，激活DC并诱导抗肿瘤效应T细胞的反应，增强肠道外抗肿瘤免疫反应。研究阐明了肠道微生物群促进肠外抗癌免疫的关键机制。（@章台柳）
刘洋彧团队Nature子刊：用神经常微分方程预测菌群的代谢组学特征
Nature Machine Intelligence[IF:25.898]
① 基于最先进的深度神经网络模型，通过神经常微分方程（mNODE）来预测微生物的代谢组学特征；② 在模拟和真实数据集上，mNODE在预测人类微生物组和几种环境微生物组的代谢组学谱方面优于现有方法（MelonnPan、Sparse NED、MiMeNet及ResNet等）；③ 在人类肠道微生物组的情况下，mNODE可自然地结合饮食信息，进一步增强代谢组学图谱的预测；④ mNODE敏感性分析还可揭示微生物-代谢物的相互作用，是研究微生物组-饮食-代谢组关系的有力工具。
Predicting metabolomic profiles from microbial composition through neural ordinary differential equations
03-13, doi: 10.1038/s42256-023-00627-3
【主编评语】描述微生物群落的代谢特征，对于理解其生物学功能及其对宿主或环境的影响至关重要。从微生物组成预测代谢组学图谱的计算方法，可节省实验代谢组学图谱所需的大量工作。然而，目前仍缺少一种具有高预测能力、普遍适用性和高可解释性的计算方法。近日，美国哈佛医学院刘洋彧及团队在Nature Machine Intelligence发表最新研究，基于最先进的深度神经网络模型，通过神经常微分方程（mNODE）来预测微生物的代谢组学特征，在模拟和真实数据中，性能优良，是研究微生物组-饮食-代谢组关系的有力工具，有助于未来精准营养的研究，值得关注。（@九卿臣）
李景虹院士等Cell子刊：肠道菌群的时空解析工具（综述）
Chem[IF:25.832]
① 肠道菌群空间模式和动态变化无法通过培养、测序和质谱等方法有效解析；② 基因标记、编码FISH、原位RNA测序、扩展显微镜、样品采集及处理有助于肠道菌成像及时空信息的获取；③ 生物发光、近红外荧光、声学和PET成像等体内成像技术可融合体外方法用于肠道菌群研究；④ 时空解析可用于研究饮食、抗生素、肠炎、FMT对菌群的影响并用于菌群时空操纵；⑤ 但空间模式剖析、细菌和分子覆盖率不高、空间数据集高维性、成像标记工具的开发等仍是挑战。
Spatiotemporally resolved tools for analyzing gut microbiota
03-24, doi: 10.1016/j.chempr.2023.02.021
【主编评语】肠道菌群作为人体的外延性器官在人体健康中发挥重要的作用已经被广泛的认可。目前对于肠道菌群的主要研究手段为分离、体外培养、宏基因组测序以及质谱相关的蛋白组代谢组等。然而，从肠道菌群对机体的作用而言，肠道菌的时空分布以及动态变化则更为关键，而上述主要手段在这些问题上不能给予很好的解析。近期清华大学李景虹院士和四川大学邓锐杰团队联合在Cell子刊Chem上发表了一篇综述，就目前已有的研究肠道菌群时空特征的方法和工具进行了综述和讨论，深入探讨了这些方法对饮食和临床肠道菌群管理的积极意义。（@Zhonghua）
感谢本期日报的创作者：aluba，mildbreeze，章台柳，阿童木，阿当，XLyasby，芥末，NL，Sunflower，注册营养师陈彬林，九卿臣，圆圈儿，Zzz，RZN，拍了花宝贝，Jack Chen
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