病毒细菌手拉手，阐释上呼吸道混合感染新机制 | 热心肠日报
今天是第1137期日报。
Nature子刊：切勿小看细菌-流感病毒互作
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 与肠道病毒-细菌互作模式类似，流感病毒会直接作用于呼吸道中的共生定植细菌和致病细菌表面；② 流感病毒粘附的细菌包括以肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌为代表的G+细菌，和以卡他莫拉菌、流感嗜血杆菌为代表的G-细菌；③ 将细菌与流感病毒共同孵育，之后移除未与细菌结合的病毒，上述过程可以增加细菌对上皮细胞的粘附作用；④ 与流感病毒共同孵育过的肺炎球菌，感染小鼠后在组织中丰度显著高于未孵育过的肺炎球菌。
Direct interactions with influenza promote bacterial adherence during respiratory infections
05-20, doi: 10.1038/s41564-019-0447-0
【主编评语】细菌感染和病毒感染具有密切联系。《Nature Microbiology》近期发表研究，发现病毒感染和细菌感染的协同机制，不仅包括免疫调节，还包括病毒与细菌表面直接接触互作，阐释了病毒-细菌直接接触会增加上呼吸道致病细菌的组织粘附能力，有助于进一步阐释上呼吸道感染过程中的细菌-病毒互作。（@小肠君）
JAMA子刊：抗生素治疗如何影响痤疮患者的面部皮肤菌群
JAMA Dermatology[IF:8.107]
① 纳入4名女性痤疮患者进行纵向队列研究，患者每日口服两次抗生素（二甲胺四环素），每次100mg，干预4周；② 分析干预前、干预结束时、干预结束后1周及8周的前额、面颊、下巴的皮肤菌群；③ 抗生素治疗与痤疮丙酸杆菌相对丰度的减少显著相关（减少了1.4倍），治疗停止后其相对丰度有所回升；④ 抗生素治疗与皮肤细菌多样性的降低相关，治疗停止后恢复；⑤ 抗生素治疗对不同细菌属有不同作用，例如导致假单胞菌属的减少及链球菌属的增加。
Association of systemic antibiotic treatment of acne with skin microbiota characteristics
02-13, doi: 10.1001/jamadermatol.2018.5221
【主编评语】《JAMA Dermatology》上发表的一项纵向队列研究结果，在4名女性痤疮患者中进行一项纵向研究，分析了抗生素治疗如何影响患者的皮肤菌群组成与多样性。（@沈志勋）
JAMA子刊：治痘痘，抗生素管不管用？
JAMA Dermatology[IF:8.107]
① 测序发现痤疮患者面部皮肤菌群中痤疮杆菌占很大比例，但菌群的定性转变与痤疮的关联似乎较痤疮杆菌的丰度更强；② 抗生素治疗后痤疮杆菌丰度下降约25%，其他细菌也出现变化，并可能导致毛囊炎等皮肤疾病的产生；③ 皮肤表面微生态受皮脂、pH值、水分等因素影响具有个体差异，抗生素治疗可能因这些参数差异而产生不同效果；④ 需要将纵向、药物研究与宏基因组、蛋白组学结合，更有效地检测皮肤菌群构成及抗生素治疗对维持菌群稳态的影响。
Antibiotics for Acne—A Pilot Study of Collateral Damage to the Skin Microbiome
【主编评语】《JAMA Dermatology》上发表的一篇评论文章，对同期发表的一项关于抗生素治疗改变痤疮患者面部皮肤菌群的研究进行了评论，指出了抗生素治疗痤疮的影响的潜在风险。（@沈志勋）
肠道菌群调节代谢产物对血管紧张肽II的应答
Hypertension[IF:6.823]
① 在正常小鼠及无菌小鼠中，使用微型泵灌输血管紧张肽II（Ang II）或生理盐水；② 在Ang II灌输的正常小鼠中，鉴定出4种血浆代谢产物显著上调，8种血浆代谢产物显著下调，这些代谢产物在Ang II灌输的无菌小鼠中无显著变化；③ 类似地，在Ang II灌输的正常小鼠中，鉴定出25种粪便代谢产物显著上调，71种粪便代谢产物显著下调，这些代谢产物在Ang II灌输的无菌小鼠中无显著变化；④ Ang II灌输显著改变了小鼠的粪便菌群组成，且存在性别差异。
Gut Microbiota Plays a Central Role to Modulate the Plasma and Fecal Metabolomes in Response to Angiotensin II
06-03, doi: 10.1161/HYPERTENSIONAHA.119.13155
【主编评语】来自Hypertension上发表的一项最新研究，对比了正常小鼠与无菌小鼠的代谢产物对血管紧张肽II的应答，鉴定出了肠道菌群依赖性的血管紧张肽II引起的代谢产物变化。（@沈志勋）
华中科技大学：解读肠道病变中的菌群互作
Frontiers in Microbiology[IF:4.019]
① 重新分析了两个炎症性肠病和一个结直肠癌的人类肠道菌群宏基因组数据，构建出了肠道疾病过程中肠道菌群的代谢依赖型互作网络；② 益生菌是该互作网络中的重要节点，在疾病患者和健康人群中，其他细菌对益生菌有很强的抑制作用；③ 在疾病状态下富集的细菌类群，其丰度可受自身或其他细菌的影响而增加；④ 代谢互作网络中临近物种的相互作用，可能导致肠道菌群在肠道发病过程中发生改变的基础。
Metabolic Dependencies Underlie Interaction Patterns of Gut Microbiota during Enteropathogenesis
06-04, doi: 10.3389/fmicb.2019.01205
【主编评语】物种间对现有资源的竞争和合作相互作用很大程度决定了肠道菌群组成。华中科技大学的陈卫华团队近期在《Frontiers in Microbiology》发表研究，重新分析了3项肠道病变研究中的菌群代谢互作，阐释了多种新型的细菌类群互作模式，对于解读肠道病变中的菌群变化模式具有参考价值。（@小肠君）
如何高效筛选目标菌群
Microbiome[IF:9.133]
① 利用几丁质作为碳源，从复杂菌群中筛选具有几丁质分解能力的细菌类群，优化菌群传代的时间间隔可提高筛选效率；② 菌群的动态变化快，筛选特定功能的菌群时，需要在该功能最强时进行菌群传代，否则菌群中的不发挥该功能或者功能较弱的类群将会成为主导菌群；③ 在几丁质分解作用最强时进行传代，菌群中的主要细菌类群为丙型变形菌纲，该类细菌是主要的几丁质分解者，④ 延长培养后，兼性营养细菌和其他非几丁质主要分解细菌的丰度会增加。
Understanding microbial community dynamics to improve optimal microbiome selection
06-03, doi: 10.1186/s40168-019-0702-x
【主编评语】有效调控菌群结构和功能对于筛选目标菌株、进行有效的微生态调控具有重要价值。《Microbiome》近期发表研究，通过观察几丁质筛选条件下的菌群动态变化，发现在进行目标微生物筛选过程中，菌群传代时间间隔影响筛选效率。该结果对于研究菌群动态变化、开发高效菌株筛选和微生态干预手段具有参考价值。（@小肠君）
影响肠道菌群的宿主遗传因素
Molecular Ecology[IF:6.131]
① 在野生家鼠中，宿主亲缘关系可以指示肠道菌群结构相似性；② 将宿主基因外显子测序结果与菌群结构相对比，发现有20个宿主基因与肠道菌群多样性或者丰度相关，其中包括一个含有3个非同意突变的细胞因子IL12a基因；③ 这20个相关基因中，存在大量人类宿主-菌群互作的同源基因，包括与免疫调节、肥胖发生相关的基因；④ 不同哺乳动物宿主中，与菌群结构相关性的宿主基因存在同源性，宿主-菌群的互作机制也可能存在相似性。
Host genetic determinants of the gut microbiota of wild mice
05-29, doi: 10.1111/mec.15139
【主编评语】阐释宿主基因与共生菌群的关系有助于研究宿主的健康状态和生理功能。《Molecular Ecology》近期发表研究，利用野生老鼠作为研究对象，发现了20个与肠道菌群有关的基因，这些基因与人类基因具有相关性，进一步支持了在哺乳动物中存在类似的宿主-菌群互作模式的观点。（@小肠君）
菌群研究需要精准描述、据实汇报、明确因果！
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:16.99]
① 在没有明确阐释机制的情况下，将菌群与生活中所有因素进行联系并作为疾病风险因素，得到的结果会引起争议；② “菌群紊乱”这个概念缺乏明确定义，使用时必须谨慎；③ 益生菌的概念过于笼统，常常忽视了不同菌株在不同情况下的作用差异；④ 进行菌群研究的对照组实验时，需要全面考虑控制条件和对比组状况；⑤ 菌群的绝对丰度具有重要生物学意义，但是受重视程度远低于相对丰度。⑥ 不可轻易将菌群相关因素作为进行流行病学分析中的疾病风险因子。
Language, numeracy and logic in microbiome science
06-05, doi: 10.1038/s41575-019-0163-5
【主编评语】准确传达菌群相关研究成果需要严谨的思维逻辑和表述方法。《Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology》近期发表评论文章，指出目前菌群研究中存在定义不明确的概念和定量方法的局限性，并强调了非因果性研究成果在指导疾病预防和治疗中存在风险。本文对于开展菌群研究、表述研究成果具有重要参考价值。（@小肠君）
感谢本期日报的创作者：小肠君，沈志勋，方芳，Echo-gdm
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